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肝细胞癌是世界上多发的肿瘤之一，在中国及东南亚地区尤为多见，其死亡率高且预后差。肝癌具有多种发病原因，研究肝癌发生的机理以及在肝癌早期筛选外周血标志物对于肝癌的预防和治疗具有十分重要的意义。有关研究显示DNA甲基化与肝癌的发生有密切的关系，而且：DNA甲基化出现于肝癌的早期。因此，本研究选择5个肿瘤相关基因，APC、E-cadherin、GSTP1、P16和RASSF1A，利用MSP的检测方法检测了上述5个基因在肝癌组织及血浆中的DNA甲基化状态，探讨这些基因的甲基化在肝癌发生中的作用以及其血浆DNA甲基化作为肝癌标志物的可能性。
实验结果显示，GSPT1与RASSF1A的DNA甲基化频率在肝癌及肝硬化组织中有显著性差异(P<0.05)，而APC、E-cadherin及P16的DNA甲基化频率则无显著性差异。在HBV感染的肝癌和肝硬化组织中，GSPT1及RASSF1A的DNA甲基化仍然具有显著性差异(P<0.05)。利用二次MSP的方法检测5个基因在肝癌及肝硬化病人血浆中的甲基化，结果显示，除APC基因外(P<0.05)，E-cadherin、GSTP1、P16及RASSF1A等基因的DNA甲基化均无显著性差异。由quantitive-PCR扩增组织及其对应血浆DNA的结果，说明血浆DNA甲基化只能在部分反映组织的DNA甲基化状态。由于血浆DNA的完整性较差，因此导致血浆DNA甲基化与组织DNA甲基化水平不一致。
实验结果提示，DNA甲基化在肝癌及肝硬化疾病中，是一种普遍的现象，只有某些特殊基因的DNA甲基化与肝癌的发生有相关性。由于本研究涉及的基因其血浆DNA甲基化只能部分代表组织DNA甲基化状态，并且，血浆DNA的完整性相对较差，因此，血浆中这些基因的DNA甲基化不适合作为肝癌诊断标记物。如何利用血浆DNA的甲基化检测进行肝癌诊断有待进一步研究。