司法鉴定启动程序对于维护程序正义，实现实体公正具有重要的保障作用。长期以来，我国司法鉴定制度并未得到应有的重视，导致现实中由于司法鉴定引发的问题越来越多。新《民事诉讼法》对司法鉴定启动程序进行了较大的修改，然而新《刑事诉讼法》对司法鉴定启动程序并没有修改。进一步对司法鉴定启动程序进行完善，对于建立科学的诉讼制度、保护当事人的权利、维护司法的公平正义、促进社会和谐稳定具有非常重要的意义。本文共分五章，主要内容如下：第一章提出了对司法鉴定现实问题的思考，说明了要研究的问题。第二章说明了司法鉴定启动程序的内涵及其功能。澄清了司法鉴定概念的内涵、外延以及本质特点，明确司法鉴定程序的内容及司法鉴定启动程序的涵义，阐述了司法鉴定启动程序维护程序正义、发现真实、实现实体公正的功能。第三章对司法鉴定启动程序进行了比较法研究。通过对英美法系采用当事人委托鉴定启动程序制度的典型国家英国、美国和大陆法系采用司法官委托鉴定启动制度的典型国家德国、法国和俄罗斯的鉴定启动制度进行比较分析，谈了两种制度的优缺点，提出了可供我们学习借鉴的理念和制度安排。第四章对新《刑事诉讼法》和《民事诉讼法》对司法鉴定启动程序的修改进行分析。指出了新《刑事诉讼法》制度设计所存在的诸多弊端，如与控辩平等的诉讼理念不一致、职能部门对司法鉴定启动权的垄断极易出现司法不公的问题、当事人的诉讼参与权被剥夺等。阐述了新《民事诉讼法》制度安排的进步意义，指出了法律过于原则的规定在实践中可能诱发的新问题。第五章是本文的重点，从刑事诉讼和民事诉讼两个方面，提出了完善司法鉴定启动程序的建议。从刑事诉讼来说，首先分析了控辩双方平等拥有鉴定启动权和鉴定的启动权归法院两种观点的局限性和实践的可能性，建议明确刑事司法鉴定启动条件，按照“职能部门启动，当事人积极参与”的原则完善公诉案件鉴定启动程序，在保留侦、控、审机关鉴定启动权的同时，明确其承担的告知、听取当事人意见、保管鉴材等义务，明确保护当事人的知情权、异议权、建议权、特殊情况下的鉴定启动申请权以及监督权、救济权等。建议按照“当事人启动为主，法院启动为辅”的模式完善自诉案件鉴定启动程序。对于民事诉讼则是建议完善鉴定启动程序的配套制度，如当事人协商的方式、法院启动鉴定的条件、法院对当事人启动鉴定的审查权等。建议明确检察机关鉴定启动监督权。