传统经济学将二元结构归为发展经济学的研究范畴。把二元结构理论引入区域经济学，从而导出区域二元结构的概念和初步的理论框架，有重要的理论意义和现实意义。区域二元结构理论对现有的区域结构理论进行了整合而且它是贯穿区域经济理论的主线之一，它的提出是对以后相关研究的规范；同时，依据区域二元结构理论指导区域政策，进而实现区域经济协调发展，是党的十六大提出的“经济建设的主要任务之一”。基于此，有必要提出和明确界定区域二元结构的概念。区域二元结构作为一个体系提出，有其坚实的认识论基础，结构主义哲学、马克思主义哲学、物理哲学、中国传统哲学的思想和观点为它的形成提供了哲学依据，系统科学的原理使对区域二元结构的研究由主次关系研究转向机制研究。发展经济学、新制度经济学、地理二元结构理论和创新理论等是区域二元结构体系形成的理论基础。区域结构理论是区域二元结构的基础理论，在区域结构理论的指引下，区域二元结构体系得以构建。区域二元结构由区域二元空间结构，区域二元经济结构，区域二元社会文化结构三大分支构成。区域二元空间结构属表层结构，是区域二元经济和社会文化结构在空间上的映射；区域二元经济结构是以区域二元产业结构为核心包括所有制结构、企业结构、人力资本结构、技术结构等的复杂系统；区域二元社会文化结构因其与空间结构和经济结构的紧密联系成为区域二元结构的一个重要研究内容，对区域二元经济结构和区域二元社会文化结构研究的主要目的是找出形成区域二元结构的决定性因素，即深层结构。实证分析是实现此目的的最佳途径，而将得出的结论应用于区域规划和区域政策制定则是构建体系的最终目的。