长江口是我国最大的河流入海口，地理位置十分重要，是重要的河口渔业水域，是多重鱼、虾蟹类的繁殖、索饵场所，是许多洄游性鱼类的必经之路，也是国家濒危珍稀保护动物--中华鲟自然保护区。近年来在长江口一大批在建和拟建的重大工程活动，对长江口区局部海域水体和底栖生境破碎化产生了明显影响，其影响是多方面的。所以进行工程水域水质现状评价、富营养化程度评价以及生态环境的综合评价，对了解河口重大工程对水域生态环境影响机理和生态恢复具有重要意义。 本文通过对长江口在建工程--上海长江隧桥工程施工前后期水质现状分布，富营养化程度和水域环境质量进行综合评价，另外通过与2001年5月同期调查数据对比分析长江口生境变化状况。 结果表明：由于受上游径流减少的影响，盐度季节变化显著，盐水入侵日益加重；COD呈现5月>2月>8月，变化范围在0.13mg/L～4.34 mg/L，施工水域COD的含量远高于周围水域；无机氮高值区主要集中分布在沿岸排污口与工程活动水域；磷酸盐存在缓冲机制，各月浓度分布不明显，由于悬浮物的吸收，工程施工水域磷酸盐含量水平低；长江口表层叶绿素a的浓度呈现8月份>5月份>2月份，平均浓度依次为4.23ug/L，2.78ug/L，0.9ug/L。 从长江口水环境质量评价来看，无机氮和磷酸盐超标比较严重，隧桥工程施工水域各项指标超标率都远高于整个长江口水域，特别是施工期5月份和8月份，磷酸盐和无机氮100％超Ⅲ类水质标准。长江口水质富营养化程度严重，富营养化指数范围在1.25～43.51，调查站位都处于富营养化水平，工程施工加剧了邻近水域的富营养化程度；运用层次分析法对水质进行综合评价，各评价因子的权重DO=0.176、COD=0.378、DIN=0.111、DIP=0.335，隧桥工程沉桩施工前05年8月水质维持在Ⅱ类标准，施工后07年3月水质能达到Ⅰ类水质标准，施工期06年5月份水质为Ⅳ类水质，低于长江口历年同期水平，工程施工期水域受污染最为严重，其中以COD和DIP对水质影响最大。 6个指标因子对长江口生境破碎化进行研究，结果表明由于受河口重大工程如深水航道整治工程、隧桥工程等影响，长江口生境破碎化程度有逐年加剧的趋势，斑块分布特征明显，工程活动引起水团改变，进而影响水质各指标分布，其中以COD和DIN变化最为显著，COD斑块数有97年的1个，2001年3个，发展到2006年10个；无机氮斑块数有2001年的1个，发展到2006年的7个。 由以上研究结果表明，河口重大工程活动对水域环境的影响，直接表现在对水环境质量的影响，污染物增加使水质等级普遍下降，富营养化程度加剧，生境受到破坏，使生境斑块向小型化发展，破碎化程度提高，生态环境发生改变进而影响栖息于该水域的生物资源。