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本文利用ISSR分子标记技术对分布于四川岷江流域的中国特有种—岷江百合(Lilium regale)的10个野生群体进行遗传多样性和遗传分化研究,主要结论如下:(1)对165条引物进行筛选,筛出10条引物共检测到180个位点,其中179个位点是多态位点,多态位点百分率(PPL)为99.44%。(2)在物种水平上,观察等位基因数(Na)为1.9944,有效等位基因数(Ne)为1.2916,Nei’s基因多样度(h)为0.2029,Shannon多样性指数(I)为0.3398。(3)在群体水平上,多态位点百分率(PPL)最高的是桃坪村群体(PPL=81.11%),最低的为光明乡群体(PPL=63.56%);有效等位基因数(Ne)最高的为飞虹阴坡群体(Ne=1.3211),最低的是光明乡群体(Ne=1.2011);Nei’s基因多样度(h)最高的是飞虹阴坡群体(h=0.2018),最低的是光明乡群体(h=0.1397);Shannon多样性指数(I)最高的同样也是飞虹阴坡群体(I=0.3180),最低的是光明乡群体(I=0.2396)。(4)经POPGEN32计算得到遗传分化系数(Gst=0.1894),AMOVA分子方差分析(PHIst=0.1934),基于Shannon多样性指数分析得到的遗传分化结果为((Hsp-Hpop)/Hsp=0.2038),都显示出大部分的遗传变异存在于群体之内。基因流(Nm)为2.1398,说明岷江百合野生群体间存在着一定的基因流。(5)根据群体间的Nei’s(1978)无偏遗传距离进行UPGMA聚类,10个群体可聚为三大类群:四川光明乡群体为一类群;羊毛坪群体、飞虹阳坡群体、飞虹阴坡群体为一类群;石大关群体、桃坪村群体、色尔古群体、黄岩洞群体、薛城镇群体和塔子山群体为一类群。(6)岷江百合群体间的遗传距离与地理距离的相关性系数r=0.0936,p＞0.05,说明遗传距离与地理距离的相关性没有达到显著水平。而Mantel Test结果(r=0.5259,p＜0.05)显示,岷江百合群体间遗传距离与海拔差距之间的相关性显著。(7)表型多样性分析:根据马氏距离用UPGMA法进行聚类分析,10个群体被聚为5大类群:光明乡群体单独聚为一类;飞虹阳坡群体也单独聚为一类;桃坪村群体与塔子山群体聚为一类;飞虹阴坡群体、石大关群体、色尔古群体和薛城镇群体聚为一类;羊毛坪群体和黄岩洞群体聚为一类。(8)利用TFPGA的Mantel Test对马氏距离与Nei’s无偏遗传距离进行相关性分析,得出二者之间的相关性系数r=0.6800、p＜0.05,说明马氏距离与Nei’s无偏遗传距离的相关性达到显著水平;对马氏距离与地理距离进行相关性分析,得出两者间的相关性系数r=0.3496,p＜0.01,两者的相关性已经达到显著水平。