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本研究应用RAPD、ISSR、SRAP三种分子标记转化为SCAR标记，以F1代120个单孢菌株为作图群体，构建金针菇(Flammulina velutipes)的遗传连锁图谱。应用原生质体单核化杂交技术得到金针菇8801和FL19的杂交种1123，出菇收集担孢子，以120个单孢菌株作为作图群体。以8801及其原生质体单核化菌株W23、FL19及其原生质体单核化菌株L11、杂交种1123五个菌株为模板，筛选RAPD、ISSR、SRAP引物，将可在两亲本间产生多态性的条带进一步转化为SCAR标记。其中选取的150个RAPD引物产生了41个多态性条带；由17对上游引物，6对下游引物组成的102对SRAP引物扩增结果得到了29个多态性条带；而20个ISSR引物只扩增得到了4个多态性带。结果有13个RAPD标记转化成了SCAR标记，成功率为31.7％；3个SRAP标记成功转化成了SCAR标记，成功率为10.3％；ISSR标记未能成功转化。在SCAR标记的筛选中发现SCAR标记S500-1500与黄色金针菇的子实体颜色具有一定的相关性。在两种蕈菌模式菌种株(Coprinus cinereus&Schizophyllum commune)中，MIP基因与A交配型基因紧密连锁(＜1Kb)，应用一对简并引物扩增得到与A交配型因子连锁的基因MIP(mitochondrail intermediate peptidase)，根据MIP基因序列设计的三个嵌套引物和五个随机简并引物一起进行TAIL-PCR，扩增得到MIP基因侧翼的500bp左右的片段，此段序列将被进一步确定是否包含A交配型基因序列，并将用于遗传连锁图的构建。结合与白色金针菇子实体颜色相连锁的SCAR标记，应用MAPMAKER软件对17个SCAR标记进行连锁分析及连锁图的构建。17个SCAR标记中4个来自亲本W23，13个来自亲本L11。卡方检验显示，其中14个符合孟德尔的1：1分离比，3个属于偏分离标记。利用14个在120单孢菌株中1：1分离的SCAR标记构建金针菇的遗传连锁群，7个SCAR标记分布于3个连锁群，其余7个标记互不连锁。三个连锁群的总长度为76.6 cM。