为了探讨PhD培养模式系统的规律，提出优化我国生物医学PhD培养模式、提高培养质量的对策建议，本研究阐述了PhD培养模式以及各组成要素的概念与内涵；进行了国内外生物医学PhD培养模式的历史与现状的比较研究和国内外案例调查和分析；深入探讨了PhD培养模式系统的结构、功能、环境、演化特征和发展趋势；分析了生物医学PhD培养模式的特点，提出若干优化我国生物医学PhD培养模式的对策建议。培养模式是由培养理念、培养目标、培养主体、培养客体和培养方式五个要素通过自组织作用，自发产生在时间、空间和功能上稳定的有序结构。国内外生物医学PhD培养模式的历史沿革大体经历教学型、研究型和复合型三个阶段；法、英、德、美、俄是原生型国家，日、中(包括大陆、台湾和香港)是继生型国家；培养模式各要素呈现如下的共性特征：培养理念均起主导作用、培养目标基本一致、培养主客体均受重视并加强互动和培养方式内在趋同形式多样。培养模式系统处于政治、经济和文化环境之中，形成多元素、多层次的有序结构。其中，理念子系统具有导向功能，主体子系统具有实体功能，运作子系统具有实现功能；系统整体涌现出认识主体、教育实体和文化载体功能。其演化具有分形特征，自组织与他组织特征以及线性与非线性特征。我国生物医学PhD培养模式的优化建议，包括培养理念由知识传授型转变为研究创新型；培养目标是成为复合型人才；导师资格应坚守学术水准，放宽职称限制，指导方式以小组制为宜；生源背景不应限于生物学或医学硕士研究生，招生方式注重科研素质和潜力；课程设置应针对生物医学PhD的特点，提倡研讨会教学，学制弹性范围为3～6年，论文要求坚持创新性，在不同阶段实施淘汰制。同时营造一个自由、宽松的环境氛围，以促进培养模式系统的自组织作用。