刑事鉴定意见是我国刑事诉讼法修订后所规定的法定证据种类的其中之一，用以解决刑事诉讼过程当中在认定案件事实时所出现的专门性问题。但目前我国刑事诉讼法对鉴定意见的规定尚存在不合理不完善之处，导致司法实践过程当中对于鉴定制度的应用较为混乱，甚至有时给最终的定罪量刑造了严重障碍，因此，后续的改革势在必行。本文着眼于刑事鉴定的全局性程序脉络，探寻从鉴定意见的适用出发直至进入法官自由心证以确定案件事实、公正审判的整个过程中各个环节所存在的问题。首先，明确讨论了鉴定适用的范围，；其次，在鉴定启动权利的分配上综合梳理英美法系和大陆法系有关鉴定制度的不同，以比较法的研究方法寻求一套公平合理的鉴定启动权分配制度和启动的程序规则；再次，以证据规则中的严格证明和证据禁止为视角，全面分析了鉴定意见这一法定证据的调查，以明确如何确定刑事鉴定意见是否具有证据能力；最后，联系法哲学和法理学基础，探讨了刑事鉴定意见证明力采信的理论原则，并提出笔者的立场和观点。在研究鉴定意见程序理论的同时，联系我国现行立法，指出其中的不足之处并试图提出相应合理可行的解决办法，希望能对我国接下来有可能要进行的刑事鉴定制度的改革提供些许促进作用。