1988年国家开始实施的农业综合开发是政府支持、保护农业，保证国家粮食安全，实现经济、社会稳定发展的重要举措。农业综合开发是以综合开发利用农业资源，加强农业基础设施建设，改善农业的基本生产条件，增强农业综合生产能力为主要内容，以实现农业现代化、农民奔小康为根本目标。农业综合开发以中央财政投资为基础，通过多渠道、多层次、多方式筹集农业发展资金，建立了“国家引导、配套投入、民办公助、滚动开发”的资金形成机制和“国家投入为主导，农民投入为主体”的综合投入机制。在过去的十几年中，以有限的财政资金(特别是中央财政资金)，引导、带动了全社会对农业综合开发的投入，激发和调动了农民增加农业投入的积极性，取得了显著成效。但是随着市场经济和农村税费、粮食流通体制改革的进一步深化和发展，工业化和城镇化与粮食和耕地的矛盾更加突出，农业综合开发投入机制出现了新的矛盾和问题，地方配套不到位，有偿资金难回收，贷款难落实等资金问题，已成为影响农业综合开发事业发展的重要因素。 本文在全面研究和了解农业综合开发投入机制的形成和发展的基础上，从农业综合开发的投资方向，投资来源等政策性的宏观因素和农业综合开发各类项目的实施等微观因素中存在的问题进行实证分析，根据发展经济学、产业经济学和农业政策学理论，借鉴国外成熟的农业投入政策和机制，结合我国国情，指出农业综合开发应把粮食安全作为新时期的目标，集中资金向粮食主产区倾斜，土地治理项目投入应以中央投资为主体，降低粮食主产省财政配套比例，建立“制度金融”和财政补贴制度，提高投资标准。