近年以来，企业集群在获取区域竞争优势方面的作用得到了学术界和政府部门的普遍认可，甚至已经进入到地方政府的决策层面，但在以经济绩效基准下的政府政策偏向，已经导致许多区域企业集群在发展过程中出现很多问题，偏离“全面、协调、可持续发展”的要求，严重影响了区域经济的良性发展。复合系统论的观点告诉我们，企业集群复合系统就是一个在集群内经济、社会和生态各子系统通过相互作用、相互影响、相互制约协调发展而成的具有特定结构和功能的有机整体。它具有整体性、联系性、有序性、平衡性、复杂性、时间的连续性经营的多目的性以及地区差异性等特性，同时从自组织理论的角度来说，企业集群复合系统又是一个开放的自组织系统和复杂的非线性系统。根据企业集群复合系统的特性，其可持续发展是通过企业集群经济、社会和生态三个子系统的动态协调得以实现的。然而，企业集群三个子系统在协调和发展过程中，会出现衰竭的、停滞不前的和积极向上的三种模式，只有积极向上的演进形式，才是符合可持续发展要求的。　　 研究企业集群的可持续发展，必须探求企业集群的运行机制，主要包括有动力机制、约束机制和拉动机制。动力机制主要是由国内外发展战略要求、追求经济利益和人们追求富裕生活以及集群追求生态环境优美的需求所产生的碰撞形成的内动力和企业集群自身的非线性特性形成的涨落所造成的源动力组成。约束机制主要是由于机会主义的存在，必须要有一定的制裁和监督机制来约束企业集群的行为。拉动机制主要是从消费结构的变迁来进行分析，由于消费结构还包括人们对消费品品质，如安全、环保等方面的需求，其对企业集群经济——社会——生态的协调有着积极的拉动作用。　　 企业集群可持续发展的实现，在相关运行机制的基础上，还需要政府、企业和公众的全面参与，只有实现了三者的共赢，才有可能实现企业集群的协调发展。同时，创新机制也是实现企业集群协调发展的重要工具，包括生态创新、技术创新和制度创新，他们为企业集群的协调注入新的活力。