本研究应用简单重复序列区间扩增（ISSR）分子标记技术，对中国北方沿海的长竹蛏（Gould）野生群体的遗传多样性进行了研究。从群体遗传学角度揭示了长竹蛏野生群体的遗传结构，对其种质资源的遗传多样性进行了评估，探讨了不同野生群体之间的遗传关系，以期为保护和合理利用长竹蛏的种质资源提供理论依据。主要研究结果如下： ⑴通过优化ISSR-PCR反应体系，从30个ISSR引物中筛选出13个用于ISSR分析。13个引物均显示出不同程度的多态性，在5个群体100只个体中共检测到326个位点，平均每个引物记录15．4个位点，扩增产物的分子量大多在200 bp～1500 bp之间。 ⑵多态位点比例和Shannons指数是衡量群体遗传多样性的重要指标之一。实验结果显示：大连、烟台、莱州、青岛、赣榆5个群体的多态位点比例分别为60．43％、43．56％、52．15％、49．08％、57．98％。显示大连、赣榆群体的多态位点比例明显高于其他3个群体，结合Shannons信息指数（D和Neis基因多样性指数（h）看，大连与赣榆群体的遗传多样性水平较高，青岛与莱州群体次之，而烟台群体是5群体中遗传多样性水平最低的。 ⑶通过对大连、烟台、莱州、青岛、赣榆5个群体之间的遗传相似系数和遗传距离进行分析的结果显示：烟台与莱州之间的遗传距离最大，青岛与赣榆群体间的遗传距离最小。表明在长竹蛏5个自然群体中，青岛与赣榆之间的亲缘关系较近，烟台与莱州群体间的亲缘关系较远。 ⑷Neis基因多样性指数（h）和Shannons信息指数（I）在群体水平上分别为0．1674和0．2530，在物种水平上分别为0．2854和0．4390，显示出长竹蛏群体拥有较高的遗传多样性水平，物种水平的遗传多样性高于群体水平。群体内遗传多态度比例（Hpop/Hsp）为0．5445，群体间遗传多态度比例（Hsp-Hpop）/Hsp为0．4555，即长竹蛏群体发生的遗传变异有54．45％存在于群体内，45．55％的变异存在于群体间，说明群体内的变异是导致群体间分化的重要因素。 ⑸利用AMOVA的等级剖分法得出的群体间和群体内对总的遗传变异的贡献率表明，长竹蛏47．71％的变异发生在群体间，52．29％的变异发生在群体内，显著性检验显示长竹蛏群体间和群体内均有极显著的遗传分化（Фst=0．4770，P<0．001），这与上述4所得结果的趋势是一致的。 ⑹长竹蛏5群体之间的基因分化系数（Gst）均值为0．2889，由Gst估算的基因流（Nm）为1．3194。这表明5群体之间存在着有效的基因流，遗传漂变不是影响长竹蛏群体遗传分化的主要因素；引起长竹蛏群体遗传分化的因素可能与其繁育方式、各居群之间分布不连续造成的地理隔离、以及人为过度采捕导致资源量减少等因素有关。 ⑺根据群体间以及个体间的遗传距离，用MEGA V4．0软件中的邻接法（Neighbor-Joining，NJ），分别对5个群体以及全部样品的100只个体进行聚类分析的结果显示：长竹蛏5群体中，青岛和赣榆2个群体先聚成一支，再与大连和莱州群体聚为一支，最后与烟台群体聚成一支，这与上述3基本相同；大连、烟台、莱州、青岛和赣榆群体内的各20只个体分别汇聚成各自独立的一支，表明群体内的个体间有高度的遗传相似性。