猪APC家族3个基因克隆鉴定、转录调控及与性状关联分析研究

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促后期复合物(anaphase promoting complex,APC)是一种与细胞周期相关的泛素连接酶,可通过泛素——蛋白酶体途径降解与有丝分裂相关的调节因子,以保证有丝分裂的有序进行和适时退出。APC通过降解securin,促进细胞从分裂中期向后期转化;通过降解cyclinB,促进细胞退出本次有丝分裂,向下个周期的G1期转化。APC的活性受阻时有丝分裂纺锤体检测点活性会增加,这提示APC的失调会导致染色体不稳定。由于人类大多数恶性癌变均表现出染色体的增减,所以染色体不稳定被认为是恶性病变的原因。而且一些APC作用的靶分子,比如securin、polo-like kinase、aurora kinase和SnoN,已被证明是致癌基因。因此APC的失调可能与肿瘤的发生相关。哺乳动物的APC家族至少有11种核心蛋白亚基。本试验克隆了猪的APC7、APC10和APC133个基因的部分cDNA、内含子和5’侧翼端(启动子区域)序列,对它们在猪各器官的表达、在不同物种中的进化关系进行了分析。寻找和鉴定了猪APC7和APC13基因组序列中的若干SNPs位点和InDels位点,与一系列生长和免疫性状进行了关联分析,为进一步研究该家族基因的作用奠定了基础,并为其将来运用于标记辅助育种提供了依据。另外,本试验对猪APC7和APC10基因启动子区域的活性以及转录因子Sp1蛋白与猪APC7、APC 10和APC13 3个基因的互作做了初步的研究,主要研究结果如下:(1)以人同源基因的cDNA序列为探针,从GenBank中搜索猪的同源性大于80%的EST序列,以EST构成的连接群设计引物,从猪的基因组中分离克隆了APC7、APC10和APC13基因的完整编码区序列(coding sequence, CDS)和部分基因组序列。对此3个基因的mRNA以及蛋白预测序列序列进行了物种同源基因序列比对分析。结果显示这3个基因在种内和种间都是相当保守的。(2)利用实时定量PCR技术检测了APC7、APC 10和APC13基因在猪不同器官组织中的表达情况,探明了猪APC7、APC 10和APC13基因的组织表达规律。结果发现在检测的成年五指山猪心脏、肝脏、脾、肺、肾、骨骼肌、淋巴结、胸腺等器官内均有表达,且各器官间的表达水平差异较小。(3)在中外猪群中利用PCR-RFLP、AS-PCR等方法分别对猪APC7的2个SNPs位点和2个Indels位点以及APC13基因的1个Indel位点进行了判型,结果发现中外猪种在这些多态位点的基因频率上表现出较大差异。(4)将发现的SNPs位点和Indels位点基因型与温氏(长白)试验猪群的生长形状和免疫性状进行了关联分析。结果显示猪APC7基因第4内含子上SNP(A/G)位点与血小板计数显著相关(P值为0.0427);第5内含子上SNP(T/G)位点与32日龄仔猪血小板分布宽度、平均血小板容积和大血小板细胞比率显著相关(P值分别为0.0175,0.0383和0.0213);启动子区域InDel(45bp)不同的基因型在初生重存在显著性差异(P<0.05),在断奶重存在极显著差异(P<0.01)。而猪APC13基因第1内含子上InDel(TGC)与17日龄仔猪的绝对淋巴细胞计数和32日龄仔猪红细胞平均血红蛋白浓度显著相关(P值分别为0.0457和0.0455)(5)采用热不对称交错聚合酶链式反应(Tail-PCR)技术克隆得到了猪APC7、APC10和APC13基因的5’侧翼端(启动子区域)序列,利用启动子分析软件TESS对基因启动子中可能的调控元件进行了预测,然后构建了猪APC7和APC10基因启动子区域的各种5’端缺失突变的报告基因载体进行转染,荧光素酶试验显示了各段截短体的启动子活性。同时结果显示了猪APC7基因启动子区InDel(45bp)和InDel(29bp)对启动子活性的抑制作用。(6)采用酵母单杂交试验初步验证了猪APC7、APC10和APC13基因的近启动子序列可与转录因子Sp1互作。另外,APC13基因的第1内含子也可与Sp1互作。
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