PPV7安徽株全基因组序列分析及SYBR GreenⅠ检测方法建立

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猪细小病毒7型(Porcine Parvovirus 7,PPV 7)首次于2016年在美国商品猪群中发现。随后,瑞典、波兰、韩国等国家相继报道出有关PPV7感染的病例。2017年,我国学者利用PCR方法从广东地区商品猪场中检测出PPV7,表明我国猪群中存在PPV7的感染。作为一种新出现的病原,PPV7的流行规律不清楚,检测方法较少,有待深入研究。首先,本研究根据PPV7的Cap基因设计了一对检测引物。对来自安徽部分地区疑似PPV7的临床样品进行检测。同时利用设计的7对特异性引物对阳性样品进行病毒的全基因组扩增。共成功扩增获得3株PPV7安徽分离株,分别命名为PPV7/China/AHbz、PPV7/China/Ahhf和PPV7/China/AHmas,并将基因序列上传至Gen Bank数据库。遗传进化分析结果显示,本研究所获得的3株基因组序列与PPV7参考毒株均在同一个大分支中,其中PPV7/China/AHmas与中国广西PPV7-GX35亲缘关系较近,它们可能来源于同一毒株。其次,本研究对PPV7的NS1和Cap蛋白进行了基本理化性质、结构与功能特性等生物信息学分析。结果发现NS1蛋白由673个氨基酸组成,大小为73ku,二级结构中具有较多的α螺旋和无规则卷曲,是一种亲水稳定蛋白。Cap蛋白大小54ku,二级结构中无规则卷曲较多,该结构容易与抗体分子结合形成优势抗原表位。经分析Cap蛋白存在12个B细胞抗原表位和5个T细胞抗原表位。最后,本研究建立了一种用于检测PPV7的SYBR Green I荧光定量PCR检测方法,该方法特异性高、重复性好且更加稳定,适合用于临床检测。本研究首次对安徽省部分地区的PPV7的全基因组进行了扩增,分析了其遗传进化情况,并开展生物信息学分析。建立了SYBR Green I荧光定量PCR检测方法,为进一步了解掌握PPV7的遗传进化规律,分子特征,以及快速、准确的诊断提供了一定的支撑。
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