尾叶桉和细叶桉是世界范围内的重要人工林树种。目前，利用分子标记构建遗传图谱和QTL定位已经成为包括桉树在内的林木基因组研究的重点。公共数据库中的多种桉树的EST序列信息为STS标记的开发提供了便利，如EST-SSR、EST-indel和EST-SNP等。本研究对从公共数据库桉树EST中开发的91个CAPS标记进行了测序验证，并将这些标记整合到原来利用RAPD标记构建的尾叶桉和细叶桉图谱上，尾叶桉和细叶桉分别增加了48个和42个标记，其中，共有标记13个。尾叶桉总图谱长度达到1789.5cM，比原来的RAPD图谱长284.9cM；标记间的平均图距是9.7cM，比原来的图谱小1.3cM。细叶桉总图谱长度达到1488.1cM、标记间的平均图距是10.3cM，比原来的RAPD图谱分别长452.4cM、1.3cM。所有的新增的77个EST-CAPS标记都在最近公开的巨桉基因组序列中找到同源序列，发现在巨桉基因组和我们所构建的图谱中有保守的共线性和同线性。扦插生根和生长是桉树无性系选育的重要性状。本研究在以上构建的遗传图谱的基础上对扦插穗条的根数、最长根长、生根率和根干质量4个扦插生根性状以及13、18和46月生树高和胸径2个生长性状的QTL进行了定位。在母本尾叶桉和父本细叶桉上各检测到6个和7个扦插生根相关的QTL，LOD值2.0～3.9，贡献率15.2～26.8%。尾叶桉上检测到2个和1个QTL分别与46月生树高和胸径相关；细叶桉上检测到显著影响各林龄树高和胸径的QTL。没有检测到与扦插和生长均相关的QTL，表明两类性状可能受不同的基因位点控制。两类性状上均有部分QTL与相邻标记紧密连锁，甚至直接定位到标记上，这为相关性状的标记辅助选择提供了有潜力的候选标记。