目的：研究金银花主要栽培品系鸡爪花系的ISSR-DNA标记与HPLC指纹图谱、有效成分含量测定,初步探索鸡爪花系各品种的遗传多样性及其与HPLC指纹图谱、有效成分含量的对应关系,为金银花品种的划分、优良种质的选育和规范化种植提供理论依据。方法：采用ISSR分子标记对12个鸡爪花品系金银花进行分析,利用NTsys2.10e软件处理数据,用非加权平均法(UPGMA)对扩增结果进行聚类分析,计算各农家品种的遗传相似系数；采用HPLC法建立鸡爪品系金银花的高效液相指纹图谱,并分别测定12个鸡爪花品系金银花的绿原酸、咖啡酸、木犀草苷和异绿原酸A四种化学成分的含量。结果：从50条ISSR引物中筛选得到15条引物对12个鸡爪花品系金银花进行了PCR扩增,共扩增出309条带,多态性条带240条,多态性比率为77.67%,表明鸡爪花品系金银花的遗传多样性丰富。各农家品种间遗传相似系数的变化范围在0.6408-0.8738之间。12个鸡爪花品系金银花品种可按地域性分为山东与河南新密两大类,同一道地产区栽培品种的亲缘关系较近。采用HPLC法构建了12个鸡爪花品系金银花的化学指纹图谱,确定了13个共有峰,根据峰面积进行聚类发现12个鸡爪花品系金银花也可分为山东与河南新密两大类；并测得不同农家品种的绿原酸、咖啡酸、木犀草苷和异绿原酸A的含量均有不同。结论：通过研究鸡爪花品系金银花的ISSR遗传多样性与HPLC指纹图谱、有效成分含量,发现各农家品种间具有明显的地域性特征。从ISSR聚类结果和HPLC指纹图谱的聚类结果中均体现这一特点,这表明地理因素对鸡爪花品系金银花的影响较为显著。