随着生物科学技术和计算机科学技术的迅猛发展,生物信息学已经成为一门崭新的学科而悄然兴起并日益发展.在生物信息学中,序列分析,即从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达的结构功能的生物信息,是一项重要的研究课题,对这个问题的研究具有重要的理论意义和实用价值.生物序列模式的自动识别就属于序列分析的范畴,主要包括两个方面的内容,一是如何从一组相关的序列中识别出其共同的模式,二是根据某个已识别的模式,在新序列中查找该模式,从而对新序列进行特征识别与功能预测.在该文中,我们主要研究的是第二个方面.该文首先介绍了生物序列和模式识别的相关概念,给出了生物序列和模式的表示方法;为了用传统的计算机方法解决复杂的生物问题,作者讨论了三种不同的模式识别的算法,分别为基于KMP字符串匹配的算法,基于自动机的方法和基于上下文无关文法的方法.第一种方法先将用正规表达式表示的模式串转换为若干简单字符串,再利用KMP算法进行模式识别.在基于自动机的方法中,模式串仍旧采用正规表达式的形式,作者研究了两种自动机的实现方法,一种通过编程构造模式对应的自动机,另一种利用flex工具自动实现.第三种方法采用上下文无关文法的形式来表示模式串,并利用Bison工具实现.对这三种算法,作者分别做了算法分析和比较.最后,简要介绍了如何从多个序列中识别模式的相关知识,并对今后的工作做了展望.