在市场的竞争越发的白热化的今天，高校与高校之间的竞争也日益的激烈。高校在进行科学创新的过程中，合作是否能够使其在创新过程中如虎添翼，同时在进行科学创新过程中能够达到竞争与合作相平衡的协同的状态？本文以中国的三所优秀的理工科大学（上海交通大学、清华大学、浙江大学）和三所美国优秀的理工科大学（麻省理工学院、加州大学伯克利分校、斯坦福大学）为对象，基于六校2006-2010年的SCI论文，从协同创新的视角，对六所样本大学在进行理学、工学以及医学科学创新过程中组织合作的现状，以及不同合作方式的效果进行分析对比，并对六所样本大学不同学科中不同的合作方式下完成论文的效果系数进行了差异性检验。研究发现，高校协同创新的过程中，合作的趋势日益显著；中国目前在创新活动中处于未协同的状态，而美国则处于协同创新的阶段；科学创新过程中效果会影响高校对组织间关系的选择，效果较高的合作类型会更多的受到组织的青睐；目前，各学科之间的协同创新方式学科特色不明显、高校各具特点；创新客体作为另一种形式的合作，对创新成果质量的提升效果显著。研究建议，政府等相关职能部门在制定政策时，需从协同创新的视角出发，适时地对现有的相关政策作出调整以及制定新的政策。并且对那些效果一般的合作方式，更加应该是政府出台政策的切入口。高校在进行科学创新的过程中，除了积极选择创新效果较高的合作形式之外，更应当在科学创新过程中改变创新主体和第一作者的惯性。