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在本研究中，我们发现诱导剂naringenin在豌豆根瘤菌(Rhizobiumleguminosarum)结瘤基因nodAnodbox加剧NodD引起的DNA弯折，减缓了该复合物在非变性聚丙烯酰胺胶(PAGE)的迁移速率，这种变化与nodA的转录激活对应。我们进一步通过在nodAnodbox的两臂间插入或者缺失一个或两个碱基，改变两臂间的距离，使得NodD在nodbox引起不同的弯折角度，这显著改变了nodA的转录。当缺失一个碱基时，弯折角度在相同条件下小于野生型，nodA的转录受到抑制；当增加一个或者两个碱基时，弯折角度在相同条件下大于野生型，nodA表现为不依赖诱导剂naringenin，甚至NodD蛋白的组成型转录。
上述两个突变株甚至不需要NodD蛋白也能够转录，因此我们猜测可能还有未知的因子参与nodA的转录。我们将上述组成性转录突变与野生型对照的nodA启动子DNA标记后与R.leguminosarum破菌液在冰浴上做凝胶延滞实验(EMSAs)，发现了一个对温度和RNase敏感的新条带，用来自R.leguminosarum的总RNA与nodA启动子DNA做EMSA，发现总RNA和总蛋白能够重现该条带，提示该条带中的成分可能含有RNA。我们进而割胶回收该条带中的RNA，通过在RNA分子两端加上接头后根据接头序列设计引物做RT-PCR，克隆PCR产物并测序，得到一个31bp的片段，含31bp片段在内共85bp片段在根瘤菌保守，该序列不编码蛋白，位于基因间区域。我们预测了该85nt的RNA的二级结构，发现其有明显的颈环结构，其环上序列与nodA启动子上成簇的DNA配对，每簇DNA序列在不同根瘤菌的不同的结瘸基因启动子保守，彼此相距10bp。通过Northernhybridization、5’和3RACE，证明该85bp片段为单拷贝，编码一个长度约为85nt的RNA。用体外转录得到的该85nt的RNA与豌豆根瘤菌总蛋白与nodA启动子DNA孵育，做EMSAs，重现了上述凝胶延滞条带。将nodAnodbox的远端臂的特征性序列AT-Ni0-GAT突变，nodA与RNA结合增强，nodA的转录受到抑制：突变预测的nodA启动子上与RNA配对的C-28→T使得nodA组成性转录，而启动子与RNA复合物条带位置发生迁移；过表达该RNA使可诱导结瘤基因的转录下降了1/2。提示该RNA的作用可能是通过结合nodA启动子DNA阻遏该基因的转录。