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染色体组操作主要包括多倍体的人工诱导、雌核发育和雄核发育等，它在育种中占有重要地位，已成为鱼类育种的热点。为了便于对泥鳅和大鳞副泥鳅的染色体组操作，本实验利用Olympus解剖镜对其胚胎发育过程进行详细的观察、拍摄和记录。结果表明：在26℃发育条件下，两种泥鳅的胚胎发育过程基本相同，但胚胎发育的速度相差较大，从受精到眼黑色素期泥鳅约需要30h，大鳞副泥鳅约需要37.5h。
采用热休克抑制受精卵第一次卵裂的方法诱导四倍体泥鳅，发现热休克诱导四倍体泥鳅的最佳条件是：在受精后20分钟左右采用41℃热休克处理泥鳅受精卵4分钟。实验结果表明，采用热休克法诱导多倍体和Ag-NOR法检测多倍体简单易行，便于推广。
利用鲤鱼精子分别激发两种泥鳅的胚胎发育，采用冷休克法使染色体组加倍诱导两种泥鳅的雌核发育二倍体鱼。结果表明：在泥鳅和大鳞副泥鳅中，均采用0℃在受精后5分钟持续处理30分钟的条件下获得雌核发育二倍体的效果最好。
用从20个随机引物中筛选出的7个引物对泥鳅和大鳞副泥鳅及其自交与杂交子代进行了RAPD遗传稳定性分析。结果表明：RAPD谱带主要呈孟德尔式遗传，在泥鳅自交组合中为99.11％，在大鳞副泥鳅中是100％，在杂交组合中是99.36％；极少数存在异常分离现象，在泥鳅自交组合中为0.89％且该类带纹明亮稳定，在杂交组合中为0.64％且该类带纹较暗稳定性差。实验结果说明在泥鳅中亲子代间RAPD谱带具有较高的遗传稳定性。
在分析了RAPD标记在两种泥鳅中的遗传稳定性的基础上，对两种泥鳅雌核发育胚胎发育不同时期、子代及其各自亲本基因组DNA进行RAPD分析。在雌核发育泥鳅中，子代与父本遗传相似度为0.458，与母本遗传相似度为0.75，父本特有率为0.212，在雌核发育大鳞副泥鳅中依次为0.323、0.889、0.065。在泥鳅的胚胎雌核发育中，胚胎发育的5个时期与父本遗传相似度平均为0.403，与母本遗传相似度平均为0.587，父本特有率平均为0.195，在大鳞副泥鳅的胚胎雌核发育中依次为0.563、0.723、0.213。该结果说明，异源精子不仅起诱导作用，而且参与子代遗传物质组成，在分子水平上为“异精效应”提供证据，并为深入研究雌核发育机理积累了原始资料。