淮河流域现状水污染严重，主要污染物为高锰酸盐及氨氮，是国家重点治理的“三河三湖”之一。淮河干流上闸坝的兴修，使得淮河已经成为一条高度人工控制河流。淮河降水量年内分配不均，降雨主要集中在每年的6~9月份。枯水期，上游闸坝关闸蓄水，河道径流量小，水体自净能力微弱，河道周边连续不断的排污使得水质恶化；汛期，上游首次开闸泄水时，枯水期积蓄的高浓度污水团在较短的时间内流入干流，与干流前期已受到污染的水体产生叠加，汛期初期往往容易形成严重的污染事故。研究表明，颍河和涡河下泄的污水是造成淮河汛期水体污染的主要因素，其中颍河的影响尤为重要。本文以SMS软件的RMA2和RMA4模块作为研究手段，建立了汛期淮河干流鲁台子至浮山河段的水动力模型，枯水期淮河干流鲁台子至田家庵河段以及吴家渡（蚌埠）至临淮关河段的水动力模型，并在模拟验证的基础上建立水质模型。以氨氮作为研究指标，对汛期初期和枯水期时，淮河干流上游和颍河不同来水量以及不同污染浓度的情况进行模拟，水质模拟结果与实际情况比较符合。通过分析模拟结果，得出研究区域污染物迁移转化的趋势；利用水质模型确定的衰减系数计算研究河段水环境容量，为淮河流域的治理以及污染的预防提供参考作用。