新三板作为我国多层次资本市场的重要组成部分,近年来飞速发展,受到众多中小企业和投资者的青睐,但新三板市场交易机制不成熟,市场参与者缺乏对企业内在价值的理性认识,导致投资者面临巨大投资风险、中小企业股票流动性差、市场融资效率低,因此对于新三板公司内在价值的研究变得尤为重要。软件和信息技术服务业关系国家信息化进程,是国家战略先导产业,该行业在新三板挂牌数量位居第二,所以研究新三板软件和信息技术服务业企业的内在价值意义重大。本文比较研究PEG法和实物期权法两种估值方法对新三板软件和信息技术服务业企业的估值有效性。文章第一部分阐述了选题背景、意义,文献综述、研究方法和本文的创新之处。第二部分陈述了新三板市场的发展历程和特征；第三部分对新三板软件和信息技术服务业进行界定,分析企业特性,结合新三板市场特征和软件、信息服务业挂牌企业特性对PEG法和实物期权法的适用性进行分析,认为两种方法均适用于目标行业的估值研究；本文的第四部分选取2012年和2012年之前在新三板挂牌的全部软件和信息技术服务业企业作为估值研究样本,分别采用PEG法和实物期权法在建立估值模型的基础上对样本企业估值进行实证研究,得出上述两种估值方法下企业的内在价值；文章第五部分以样本企业2014年全年的股票交易平均价格为基准求出两种方法估值结果的偏差率并对估值差异进行比较,分析结果表明实物期权法对于目标行业的价值评估稳定性更好、有效性更强,并从宏观经济背景层面、行业层面、企业层面和模型自身因素四个层面解释了两种模型的估值差异。最后,本文认为虽然实物期权法比PEG法更有效,但估值结果也存在较大偏差,在实际估值应用中,应该结合多种理论进行价值评估。