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本研究通过对来自中国14个省、自治区的18个地方黄牛品种136个个体的mtDNA cyt b基因全序列和其中17个品种84个个体的D-loop区全序列进行测序分析来研究中国黄牛的母系起源、品种之间的系统进化关系以及mtDNA基因在中国黄牛中的多态分布和流动模式;另一方面,我们对15个黄牛品种310头公牛的Y染色体特异区段11个微卫星的多态性进行了研究,通过对2个微卫星UMN2404和UMN0103的分析并结合前人对10个品种66头公牛Y染色体的形态学研究结果,揭示了中国黄牛中普通牛和瘤牛Y染色体的分布频率以及Y染色体基因的流动迁移模式。具体结果如下:1 mtDNA cyt b基因全序列多态性及其中国黄牛的系统进化1.1 18个品种136个个体的mtDNA cyt b基因全序列不存在长度差异(1140 bp),均以ATG为起始密码子,中间无插入、缺失或终止密码子,以终止密码子AGA结束。cyt b基因富含碱基A和T,A+T的平均含量(56.7%)显著高于G+C的含量(43.4%)。密码子第3位点上G的含量最低(3.5%)而A的含量最高(44.6%),第2位点T的含量最高(40.5%);密码子第2位点(0.21),特别是第3位点(0.45)表现出较强的碱基组成偏向。1.2 136条cyt b基因全序列中一共检测到了105个替代突变位点,约占核苷酸总数(1140 bp)的9.2%,核苷酸多样性(Pi)为0.00923;一共定义了47个cyt b基因单倍型,单倍型多样性为0.848。105个突变位点中有65个转换和39个颠换,参考序列V00654的15615位点为中国黄牛cyt b基因变异的转换与颠换共存位点。发生在密码子第3位点的突变绝大部分是同义突变,而第1和第2位点的突变则大部分是错义突变。颠换导致错义突变的概率远远高于转换。1.3选择GenBank已公布的普通牛、瘤牛、斑腾牛、羯牛、牦牛和欧洲野牛的cyt b基因全序列作为对照,构建的分子系统树将中国黄牛cyt b基因47个单倍型明显地分为2个分支,各包含了24个普通牛和23个瘤牛单倍型,所以中国黄牛只有普通牛和瘤牛2个母系起源。18个黄牛品种内的平均遗传距离差异比较明显。3个种群的品种之间的平均遗传距离差异也比较明显:北方品种(0.00550±0.00088)和南方品种(0.00655±0.00128)的遗传分化程度相对较低,但是两者之间的遗传分化(0.01271±0.00262)差异较大;中原牛种群和北方种群之间的平均遗传距离(0.01002±0.00193)要大于和南方种群之间的平均遗传距离(0.00891±0.00178),所以中原牛种群受南方瘤牛的遗传影响较大。中原牛种群内的晋南牛和秦川牛受北方普通的影响相对瘤牛要大;而鲁西牛、郏县红牛和南阳牛受南方瘤牛的影响较大。1.4普通牛单倍型频率在北方牛种群中占优势(81.8%~100%),而瘤牛在南方牛种