两栖动物作为由水生向陆生过渡的脊椎动物类群,它们水陆两栖的生活史特征,使其生命活动非常依赖于环境的稳定性,容易受到栖息地的丧失和生境破碎化的影响。在全球气候变暖、两栖动物全球性衰退的背景下,探究两栖动物不同地理种群的遗传多样性和遗传结构具有重大意义。作为我国特有种之一的华西蟾蜍(Bufo andrewsi),广泛分布于我国四川、云南、贵州、广东、广西等地,性情温和,完全变态发育,环境依赖度极高,是较为理想的研究材料。本文主要以微卫星标记和线粒体控制区基因标记,对20个地理种群的多样性进行检测分析,评估其生态分布情况。本研究以非变性PAGE法筛选出12对多态微卫星位点,对华西蟾蜍的627个个体成功进行微卫星基因分型;20个研究种群共有132个等位基因,每个等位基因座位有4～23个等位基因,平均等位基因数为11。对线粒体控制区进行PCR扩增测序,获得549个个体的线粒体控区部分片段,长度为568bp。549条序列定义了单倍型94个,其中有26个为两个及两个以上的种群共享的单倍型(27.66%),其余68个为某一个种群所特有的单倍型。分析结果表明,无论是基于微卫星数据还是线粒体数据,华西蟾蜍物种都有较高的遗传多样性水平,种群遗传分化显著。基于微卫星数据Structure分析显示,华西蟾蜍20个不同地理种群最佳聚类分组是2(K = 2)。基于贝叶斯法和最大似然法构建的单倍型系统发育树,拓扑结构完全一致,云南的五个种群KE、QB、JMK、PTG、XGJ的单倍型聚为一支,WL、GD、LMS、YCG、ZH聚为一支,JZG种群的单倍型单独一个分支,而其他种群的单倍型没有出现明显的聚类分支,单倍型构建的网络图结果与此相似。中性检验和错配分布研究表明华西蟾蜍整体没有经历过扩张,种群现今处于稳定的历史动态。运用最大熵模型(MAXENT)对华西蟾蜍的生态位进行模拟,研究发现物种丰富度最高的地方不完全只出现在采样密集的地方,在没有采样的地方,也出现较高的丰富度,这表明该物种生存能力强。然而,在20个研究种群中,多达16个种群的近交系数(Fis)为正值,显示这些种群中存在不同程度的近亲繁殖现象。近亲繁殖可能引起种群数量急剧下降,是种群持续的严重的威胁,尤其值得我们的关注。此外,部分种群由于人为捕杀和生境的破坏导致的瓶颈现象提示我们关注两栖类物种有限的生存环境。