恒河猴是医学生物学研究中重要的非人灵长类模式动物，广泛应用于传染性疾病模型制作、疫苗开发、干细胞研究以及器官移植，尤其在模拟艾滋病感染人体的实验中，是不可代替的猴艾滋病模型。由于恒河猴地理分布广泛，而且驯化程度有限、无法建立近交系，所以在同一个实验分组中参与实验的恒河猴个体往往是遗传背景异质性，但是医学实验中需要参与实验的动物尽量保持遗传背景的同质性从而使实验结果便于分析，这样的客观矛盾导致实验中往往会出现个体差异。　　 相同地理来源的恒河猴往往由于地理隔离，个体差异比较小，而主要组织相容性复合物分子是免疫遗传学中最重要的基因，所以选取相同地域来源和相同主要组织相容性复合物分子基因型的恒河猴实验动物参与实验将有利于缩小个体差异。　　 本文试图根据已知地域性微卫星遗传标记与特定MHC基因高度连锁的微卫星遗传标记，建立一套恒河猴免疫遗传学同质性分类方法。实验结果表明，中国恒河猴的遗传背景复杂，地理来源遗传标记需要进一步完善。特定MHC基因高度连锁的微卫星遗传标记则可以替代连锁的MHC基因，将恒河猴区分为若干个不同的群体。　　 本方法的建立和进一步完善，在对中国恒河猴遗传背景缺乏详细了解的情况下，将为中国恒河猴参与实验分组提供参考，也可以指导恒河猴繁育管理，长远可用于对相对封闭地区中国恒河猴进行遗传调查并逐步建立遗传同质性群体。