本文简介了微卫星DNA的发展历程，微卫星位点的分离和分析方法及其在水产养殖中的应用，并对微卫星作为遗传标记的优缺点进行了探讨，同时，运用经典分子生物学方法和磁珠富集法分别进行了皱纹盘鲍、刺参微卫星DNA的分离筛选。1皱纹盘鲍微卫星DNA的筛选 　　运用经典分子生物学方法，即构建基因组文库，通过放射性[γ-32P]标记的探针进行杂交筛选，共得到102个皱纹盘鲍微卫星DNA序列，其中完美型60个(占58.8％)，非完美型29个(占28.4％)，复合型13个(占12.7％)；重复次数在3-10次的比例最高，为48个，重复次数最多的达到104次；重复核苷酸中以双核苷酸和四核苷酸较多，分别为82个(占80.4％)和14个(占13.7％)，其中双核苷酸又以(AC/TG)n最常见，占81.4％。根据得到的皱纹盘鲍微卫星DNA保守序列，用PrimerPrimer5软件设计出81对引物。2刺参微卫星DNA的筛选 　　磁珠富集法是一种快速、高效的分离微卫星分子标记的方法。本研究通过磁珠富集的方法分离刺参的微卫星分子标记。将刺参基因组DNA经Sau3AI酶切，回收纯化400～900bp片段，连上接头，构建“基因组PCR文库”。用生物素标记的简单重复序列(CA)15作探针与其杂交，杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上，经一系列的洗涤过程，去除磁珠表面不含有微卫星的片段。