沿海海水养殖产业快速发展的同时,海水养殖废水大量排放,造成沿海海洋环境富营养化程度加剧,严重制约海水养殖业绿色健康的可持续发展。含碳有机物、氨氮、亚硝酸盐等污染物是造成海水养殖水体恶化的主要因素,因此控制海水养殖水体中主要污染物的浓度,提高海水使用率,减少养殖废水外排对海水养殖业的进一步发展至关重要。微生物不仅能利用水体中的有机碳和氨氮、亚硝酸盐等物质完成自身增殖,达到去除净化养殖水体中污染物的效果,还具有抑制病原微生物生长,促进养殖生物生长、提高其免疫力等作用。本研究旨在探究海水养殖废水直排对邻域海水微生物多样性的影响,并从养殖水体中分离筛选对养殖水体主要污染物有降解能力的优质菌株,能有效净化养殖废水中主要污染物的含量,提高养殖水的使用率,并对养殖生物有一定益生作用。主要研究结果如下:（1）对东寨港海水养殖池及邻域水体中微生物的群落结构和多样性进行分析发现,各地样品中的微生物群落的优势门较相似,细菌优势门包括Proteobacteria、Cyanobacteria、Bacteroidetes和Actinobacteria,真菌优势门包括Ascomycota、Basidiomycota、Mortierellomycota和Rozellomycota。但每个环境中都存在独有的物种。此外,南美白对虾（Penaeus vannamei）养殖池中的微生物群落物种丰度和多样性都低于其它区域,但Halioglobus、Owenweeksia和RS62＿marine＿group等细菌属相对其他区域表现出较高的相对丰度。微生物群落的组成和多样性主要受到pH、NH₄⁺-N、COD（Chemical Oxygen Demand,化学需氧量）和TN等环境因子的影响。研究结果表明,随着海水养殖水体的排放在港内不同区域中扩散,对邻域海水环境中微生物群落多样性和组成产生影响。（2）从东寨港南美白对虾养殖池中分离得到四株优质土著微生物菌种,分别为两株COD去除菌DZG-E3、DZG-F1,一株异养氨氧化菌DZG-N1和一株异养亚硝酸盐去除菌DZG-N1,经16S rRNA基因测序鉴定分别确定为:Acinetobacter sp.DZG-E3、Bacillus sp.DZG-F1、Acinetobacter sp.DZG-N1、Bacillus sp.DZG-A1。（3）选择椰丝纤维、海藻酸钠制备微生物固定化材料。椰丝纤维采用溶胶凝胶法改性,通过提高疏水性来固定微生物菌株。三种微生物固定化材料都表现出较好的固菌能力,改性椰丝纤维对试验所用的四株菌株的固定效果最佳,经改性椰丝纤维固定后的四株菌株生长量显著高于其它两种材料。（4）为短期内考察益生菌净化水质的能力,设置模拟南美白对虾养殖池和生物滤盒,并在生物滤盒中添加改性椰丝纤维固定的四株微生物菌株。经过16 d试验,DZG-E3对养殖水质的调控能力最佳;DZG-F1在试验前期对NH₄⁺-N浓度的增长有较好的控制效果。DZG-N1对养殖水中的NO₂^--N浓度控制效果最佳,0-10 d时增长速率为0.071 mg/L/d;DZG-A1具有降低养殖水体中的NO₃^--N能力,在前期能很好的维持水质稳定。南美白对虾较初始养殖时生长良好,虾体体长与初始值相比,增长量达5倍以上。实验组的对虾存活率均高于对照组,其中F1组的对虾存活率最高,为92±4%。实验结果表明:投加菌株能净化养殖水体中的含碳有机物、氨氮、亚硝酸盐等污染物,能维持养殖水质的稳定,具有提高养殖过程中南美白对虾的成活率、促进南美白对虾生长的作用。（5）根据试验菌株的特点及其相互作用、对养殖水污染物的净化能力设计不同的菌种组合成两组复合菌:A（DZG-E3+DZG-N1）和B（DZG-F1+DZG-A1）,分别固定后投加于模拟南美白对虾养殖池的生物滤盒中。两组复合菌养殖水体中的污染物具有一定的净化效果,能减缓养殖水体中各污染物质的积累,效果最佳的是B组,对养殖水体中的COD、NO₂^--N具有更好的净化效果。复合菌的污染物净化能力与单菌试验相比较有明显的提高,且对养殖过程中南美白对虾的成活率有所提高,与对照组相比,对虾成活率提高了10-12%。