在知识经济时代,科技是推动经济发展的中坚力量,现如今也越来越受到各国的重视,科技全面发展战略也逐渐成为各国的核心竞争力,推动了整个社会的发展,然而,在进行科技活动的过程中,科技资源的数量和配置效率决定了科技发展的速度,对一个国家的人民生活和经济发展都有较大的影响。西部地区作为区域科技创新的主要系统之一,其科技投入绩效受到了全社会的关注,因此,对西部地区科技投入绩效进行评价是非常值得研究的问题。论文首先分析西部地区的科技投入现状及存在问题,并探析科技投入存在问题的原因。在科研经费投入方面,存在经费投入存在“马太效应”、投入结构类型不合理、经费投入所带来的产出较低等问题。在科技人力资本方面,存在人力资本投入不足、科研人员的科技创新能力较弱、科研人员分布不均衡等问题。在科技投入绩效评价方面,主要体现在绩效评价指标不合理、绩效评价结果的反馈运用较差、绩效评价指标体系不完善三个方面。究其原因,在政策方面主要包括科研政策不完善和科研制度缺乏针对性两方面原因。针对科研经费的管理缺乏可靠的经费预算、科研经费使用监管不到位、经费报销程序复杂滞后;对于人力资本方面的原因是缺乏有效的人力资本补偿、人力资本激励过于刚性、人力资本内部存在歧视;其次,通过科技投入绩效评价指标的构建,对各指标进行灰色关联度分析并进行实证研究,并通过建立超效率DEA模型从科技投入的总过程和分过程两个维度进行科技投入产出效率的测算,并将东、中部地区与西部地区进行比较分析,再利用泰尔指数对西部地区与东、中地区效率差异进行比较度量和分析,建立Tobit面板数据回归模型对西部地区科技投入绩效的影响因素进行实证分析;最后,在调整科技投入结构、改善科研经费管理、加强科研人员管理、优化科研管理政策、加大科研经费柔性化管理力度五大方面提出针对性的政策建议。研究表明:(1)对西部地区投入产出综合效率进行分析可知,效率值高于第一阶段和第二阶段的投入产出效率;(2)西部地区投入产出效率小于东、中部地区投入产出效率;(3)科技投入产出效率区域内差异大于区域间差异,西部地区内部差异大于中、东部地区;(4)西部地区科技投入绩效受到技术进步、投入结构、市场化程度的影响,人力资本质量对科技投入绩效影响不显著。