我国蓖麻种植面积及产量均居世界前列。目前的蓖麻的品种普遍植株较高，不仅造成营养成分的大量浪费，且由于株高较高、成熟期不统一等原因导致不易于机械化收割。本研究通过现代生物技术手段筛选与调控蓖麻株高、叶型及产量相关的基因，以期为培育出节间较短、茎体粗壮而长度适中、高产的蓖麻矮化良种奠定基础。　　cDNA-AFLP技术结合了RT-PCR和AFLP两项技术的优点，很好的应用于分析差异表达基因、优势机理、功能标记分析、基因表达特性等多项研究之中。　　本研究以蓖麻BC2F2代矮杆和父本茎秆为试材，采用cDNA-AFLP技术分析始花期茎秆的差异表达基因，并对其进行回收、克隆和序列分析，最后将得到的序列进行生物信息学检索及功能注释。蓖麻矮化相关基因的发掘，为揭示蓖麻矮化的分子机制找到新的突破口。主要研究结果如下:　　1.成功建立了蓖麻cDNA-AFLP技术体系。　　2.利用所建立的技术体系分析始花期矮化株茎杆的基因表达差异。利用115对引物组合进行了选择性扩增，共得到差异条带458条，通过回收、克隆获得了其中128条目的片段，并对其进行了序列测定。　　3.将得到的测序序列与NCBI数据库进行同源性比对及功能检索。结果表明，其中92条基因所表达的蛋白与已知蛋白具有较高的同源性，其余36条基因为未知基因。发现的同源基因所表达蛋白有:调节植物茎伸长蛋白或激素合成;调节细胞生长与分化的转录起始因子;在植物生长发育过程中通过调控基因表达或信号传导而影响细胞生长发育的蛋白;对光刺激、温度刺激及氧化等的应激反应;细胞衰老相关蛋白，生长素水解酶，肌动蛋白等构成的细胞骨架蛋白、运输蛋白等。