目的分析食管-胃结合部癌的基因表达谱变化,以初步探讨食管-胃结合部癌发生的分子机制。方法以手术切除的食管-胃结合部癌、胃体胃窦癌及正常胃粘膜组织为研究对象,采用基因表达谱芯片Affymetrix U133A 2.0及GCOS数据处理软件筛选出食管-胃结合部癌的基因表达谱以及食管-胃结合部癌与胃体胃窦癌的差异表达基因。结果食管-胃结合部癌与正常胃粘膜比较,差异表达基因(2倍以上)共773个,其中上调的基因有364个,下调的基因有409个,这些相关基因的功能涉及凋亡、细胞信号转导、细胞周期、离子通道及运输、代谢、细胞骨架等方面。食管-胃结合部癌与胃体胃窦癌的差异表达基因共488个,其中上调的基因有209个,下调的基因有279个,这些相关基因的功能亦涉及凋亡、细胞信号转导、细胞周期、代谢、细胞骨架等方面;在这些上调的209个基因中,137个基因在食管-胃结合部癌与正常胃黏膜比较的差异表达基因谱中已经出现,其余72个基因只在食管-胃结合部癌与胃体胃窦癌的比较中出现;在下调的279个基因中,有167个基因在食管-胃结合部癌与正常胃黏膜比较的差异表达基因谱中已经出现,其余112个基因只在食管-胃结合部癌与胃体胃窦癌的比较中出现。结论应用基因表达谱芯片,初步筛选出食管-胃结合部癌与正常胃粘膜之间的差异表达基因,为探讨食管-胃结合部癌的发病机制提供了候选基因。同时筛选出食管-胃结合部癌与胃体胃窦癌之间的差异表达基因,考虑这部分基因可能与食管-胃结合部癌不同于胃体胃窦癌的生物学行为相关。