应用Affymetrix全基因组表达谱芯片研究正常人上皮细胞对化学致癌物BPDE的应答反应

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苯并(a)芘-7,8-二氢二醇-9,10-环氧化物(BPDE)是多环芳烃类(PAHs)环境化学污染物苯并(a)芘(BaP)在体内的代谢活化产物,并被认为是BaP的终致癌物。BPDE致突变、致癌并不是一个细胞被动接受的过程。BPDE引起大块加成性DNA损伤会激活细胞内核苷酸切除修复、细胞周期阻滞等保护性机制,也会激活低保真度的跨损伤复制机制引发DNA突变,以及激活一些可能有促癌作用的应激信号通路等。因此,要阐明BPDE的致突变、致癌机制,需全面了解细胞对BPDE的应答反应,即基因和毒物的相互作用。我们分别采用Affymetrix HG-U133 Set(~33000个基因)和HG-U133 Plus 2.0(~39000个基因)全基因组芯片来筛选FL人羊膜上皮细胞对不同剂量BPDE(0.005,0.05和0.5μM)处理后同一时间(4 h)的应答基因和同一剂量BPDE(0.05μM)处理后不同时期(1,10和22 h)的应答基因,以较为全面地研究正常人上皮细胞对BPDE的应答反应。基于TaqMan低密度芯片技术对基因芯片结果进行中等通量的定量RT-PCR验证获得了一大批可信的应答基因。剂量效应研究揭示了基因表达(H1F0,AURKA,CCNB1,CENPA,CDC20,KIF14,KIF2C,PKMYT1和EGFR,IGF1R,PRKCA,ITPR1,ATF3,HEXIM1,MYC,SAT1,GDF15,PEA15等)和细胞周期以及细胞毒性表型的紧密关联。转录调控分析结合实验验证发现部分基因的表达改变和BPDE激活一些应激反应相关的转录因子(AP-1,ATF3,NF-κB,p53,Elk-1,CREB和ATF6等)有关,有助于揭示细胞对BPDE应答从应激信号通路,相关转录因子到靶基因的整个过程。个别基因的改变,如CCNE1和CCNE2的上调等可能和BPDE的致癌机制有关。时间效应研究中对细胞周期,细胞生长和凋亡相关基因(H1F0,AURKA,CCCNB1,CENPA,KIF14,NEDD9,SGOL2,RCC1和DLSP1,EIF5A,BIRC4,CTGF,ATF1,JUN,PTEN,CYR61,TOB1,MUC1,FOS,MIRN21等)的分析,揭示了细胞对低浓度BPDE的反应模式,即细胞从启动应答,到整合效应,再到恢复的应答过程。相关基因的改变,如CYR61,MUCl,FOS和MIRN21等基因的上调可能和BPDE的致癌机制有关。对基因芯片结果进行高通量分析发现细胞对BPDE的应答基因涉及广泛的功能包括细胞周期调节,转录调节,RNA剪接、蛋白质代谢、泛素循环、脂类代谢、细胞骨架、细胞内运输、细胞生长、凋亡、信号转导、DNA修复和DNA损伤反应等;以及广泛的信号转导通路如MAPK、黏着斑、细胞周期、Wnt通路和TGFbeta通路等,有助于从全局了解细胞对BPDE的应答机制。对于重要的应答基因和通路与BPDE致突变和致癌机制的关系有待具体的实验研究。
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