清代漕运因袭明制,以河运作为漕运的主要方式,保留了既有的职官、兑运、漕额等相关制度,并延续了漕河官员责权重合的弊端。19世纪中叶以降,内外战事和漕弊迫使清朝进行漕务改革。咸丰年间,河运中断,海运取代河运成为漕粮运输的主要方式。同治三年（1864年）,漕运总督吴棠出于职官利益,主持恢复了江北漕粮河运事务,但因地方督抚的反对,河运漕粮往往难以正常起运。至同治十年前后（1871年）,山东与江苏两方都以漕粮河运作为筹码,就黄河规复淮徐故道事务上长期拉锯,双方争执最终以黄河仍由山东入海,江北漕粮维持河运的方式暂时平息,河运的数额因此维持在10万石上下。在中法战争期间（1883年12月至1885年6月）,漕粮海运被法军阻断,致使部分地区粮价上涨和社会舆论哗然,朝中海运的支持者备受攻讦,支持河运的呼声大涨。战后,经过核算成本,中枢否定了修建漕运铁路的方案,决定河运的地区从江北一地扩展到江浙两省。对此,江浙两省通过反复上折强调河运的困难、要求奏销或拨给河运开支等方法加以抵制。但山东巡抚为争取国家对山东地区河患的投入与关注,要求继续漕粮河运。因河运所需的船只、闸坝、河工设施已毁于战火,相应经费异常短缺,两省在承担河运事务上存在地区利益冲突。光绪十七年（1891年）后,随着两省的人事调动和经费分摊方式的确定,漕粮河运进入了一段相对稳定的时期,使河运在内地赈济事务上发挥了一定作用,但并未形成显著的社会经济效益。甲午战争的打击使得清朝财政濒临崩溃,河运停废再次提上议程。与此同时,清代的河务办理逐渐完成了“在地化”转变,地方更多地承担了治河开支,故山东地方对河运的支持也随之减退。庚子事变后,清朝迫于偿还赔款的压力,于光绪二十七年（1901年）下诏将全漕折银以筹措赔款,随后虽部分恢复了实物漕粮的运输,但皆行海运,河运的历史至此终结。晚清漕粮河运的演变过程中,漕河官员的利益,国家粮食安全顾虑曾在不同时期推动了河运的恢复,但是地区利益对河运的兴衰有着更长期而关键的作用。