饲料效率的提高对于改善家畜生产者的经济效益和畜牧业可持续发展至关重要。剩余采食量（Residual feed intake,RFI）是权衡饲料利用效率的理想指标之一,可有效评价家畜饲料效率、群体代谢水平及品种选育。低RFI的家畜个体具有更高的饲料效率,人工选育低RFI家畜对畜牧业可持续发展具有重要的现实意义。为探讨差异表达基因和差异lncRNA与肉牛RFI表型变异间的关系,本研究选取极端高RFI（high RFI,HRFI）和低RFI（low RFI,LRFI）秦川牛各5头,采集下丘脑组织提取RNA,进行转录组测序。通过生物信息学分析,筛选肉牛RFI相关的差异表达基因和差异lncRNA。对候选靶基因的多态性位点与RFI等性状进行相关性分析。主要结果如下:（1）不同RFI秦川牛下丘脑组织mRNA差异分析在HRFI组和LRFI组肉牛下丘脑组织中共鉴定出1538个差异表达基因,其中762个基因在LRFI组上调,776个基因下调。其中AGRP、PMCH等采食相关基因和代谢相关的GH1、MTNR1A,RYR2、ADCY4和FGFR1等基因及差异基因主要富集的钙信号通路、cAMP信号通路和昼夜节律等信号通路,可能是肉牛RFI变异的重要因素。FGFR1基因可能通过脑-肠轴参与肉牛采食和糖代谢生物学过程,在饲料效率中发挥作用。随机选取6个差异表达基因进行RT-qPCR验证,证明定量分析与测序分析结果基本一致。（2）不同RFI秦川牛下丘脑组织lncRNA差异分析通过对lncRNA特征进行分析,与mRNA相比,lncRNA平均长度为 2846 bp,比mRNA的平均长度（18222bp）短;平均外显子数为2.8个,低于mRNA（平均4.4个外显子）;mRNA的开放读码框（ORF）长度明显大于lncRNA。共鉴定出1 406个差异表达lncRNA,其中626个lncRNA在LRFI组呈现上调,780个lncRNA下调。LRFI组中表达量最高前5个lncRNA有191个反式靶基因,有65个顺式靶基因。HRFI组中的表达量最高前5个lncRNA有81个反式靶基因,11个顺式靶基因。lncRNA差异表达靶基因涉及神经活性配体受体相互作用、视黄醇的代谢、类固醇激素的生物合成和代谢等与代谢相关通路,及移植物抗宿主疾病、疟疾和自身免疫性甲状腺疾病等与免疫相关的通路。LRFI组特异性高表达的TCONS00226900与候选基因MTNR1A共表达,可作为候选lncRNA进一步研究。随机选取7个差异表达lncRNA进行RT-qPCR验证,证明定量分析与测序分析结果一致。（3）MTNR1A遗传多态及其与牛RFI等性状的相关性分析MTNR1A的SNP1（g.G489A）位点在秦川牛和安格斯牛两个群体中都表现出GG基因型为优势等位基因型。SNP2（g.A497G）位点,秦川牛AA基因型个体的RFI高于其他两个基因型个体,安格斯牛GG基因型个体RFI优于其他两个基因型个体。秦川牛和安格斯牛这两个群体基因型间的RFI没有显著差异（P＞0.05）,这可能与较小的样本量有关。MTNR1A的两个多态性位点对安格斯牛的生长性状有显著影响,可能影响肉牛的机体生长发育。