目前,由于综合性运输政策在交通运输行政领域的基础性地位还缺乏清晰的认识,导致我国运输政策领域存在较多问题：缺少合理的制定程序,政策—贯性和权威性较差；政策不完整,综合运输政策缺失；政策和规划关系混乱,本由政策解决的问题都由规划来解决；中央和地方以及部门之间利益不同导致政策难以执行；执行评估机制缺失,政策灵活性和约束力低。当前发达国家和地区都已相继制定并实施以白皮书为形式并有相关法律支撑的正式运输政策。交通运输改革的重要任务之一,就是尽快转变到用正式的程序来减少运输领域政策制定和实施过程中过多随意性,应在借鉴国外经验的同时结合我国实际,建立和完善我国综合运输政策制定与实施机制:确交通运输部的综合运输政策制定主体地位；建立政策制定与实施的相关部门横向协调机制；建立政策制定前期调查研究、专家咨询与公众听证制度；以白皮书形式发布综合运输政策；建立政策执行信息沟通机制；完善政策目标与多种政策手段综合配套的机制；建立政策实施的评价机制。在国家层面制定对各运输政策制定和实施主体起引导和协调作用的综合运输政策应包括：统筹各运输方式和各地区均衡发展的运输设施建设政策；发挥市场配置资源基础性作用的运输市场化政策；促进运输方式有效衔接、合理分工的运输一体化政策；改善运输与资源、环境紧张关系的运输可持续发展政策；提高运输安全性的运输安全政策等。