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牛脂肪生成过程受到多种调节因子的共同作用,通过对参与脂肪生成过程的关键调节基因以及功能元件的进一步挖掘,能够帮助研究人员更好的理解牛脂肪生成过程中的分子调控机制,从而为肉牛育种工作服务。基于此,本研究以20月龄秦川母牛皮下脂肪组织、内脏脂肪组织,以及6月龄犊牛皮下脂肪组织为研究对象,采用链特异性转录组测序技术筛选鉴定在秦川牛不同部位脂肪组织中以及不同发育阶段皮下脂肪组织中差异表达的基因和长链非编码RNA,并对其进行了功能注释;利用实时定量实验对筛选到的差异表达基因以及长链非编码RNA进行了验证,并分析其在牛脂肪组织中的表达模式;对筛选获得的牛脂肪组织长链非编码RNA的类型、染色体分布、序列结构、表达特征以及小RNA结合位点等信息进行了分析;利用双荧光素酶报告系统验证了长链非编码RNA存在小RNA结合位点;主要取得以下研究结果:1.利用转录组测序技术在不同牛脂肪组织中获得了99%以上的高质量测序片段,60%以上的测序片段能够比对到参考基因组上,测序产量较高,能够反映秦川牛脂肪组织转录组状况;2.在成年牛皮下脂肪组织和内脏脂肪组织之间筛选到5864个差异表达基因,其中2885个基因在成年牛皮下脂肪组织中（SAT）上调表达,2979个基因在内脏脂肪组织（VAT）中上调表达;功能富集分析发现差异表达基因参与多种生物学过程,大量差异表达基因与脂质代谢和免疫应答生物学过程相关;3.在成年牛皮下脂肪组织和6月龄犊牛皮下脂肪组织之间筛选到6226个差异表达基因,其中2847个基因在6月龄牛皮下脂肪组织（WSAT）中下调表达,3379个基因上调表达;在6月龄犊牛皮下脂肪组织中上调表达的基因主要富集在能量代谢和细胞分化等生物学过程,可能在这些过程中具有更高的活性;4.通过测序数据和参考基因组的比对,筛选到大量单核苷酸变异和插入缺失突变,进一步对胰岛素样生长因子酸不稳定亚基基因（IGFALS）和非SMC凝缩蛋白复合体G基因（NCAPG）进行了遗传变异筛查,关联分析结果显示IGFALS基因与牛体高性状相关,NCAPG基因与牛胴体重性状相关;5.通过对转录组测序获得的转录本的序列特征以及编码能力的分析,分别在成年牛皮下脂肪组织、内脏脂肪组织和6月龄犊牛皮下脂肪组织中分别获得了10817条、8340条和7183条lnc RNA表达;6.牛脂肪组织长链非编码RNA可以分为基因间长链非编码RNA、内含子型长链非编码RNA和反义长链非编码RNA类型;长链非编码RNA在各条染色体上均有分布;和蛋白质编码基因相比,长链非编码RNA序列较短、表达量较低、序列保守性较差;7.在成年牛内脏脂肪组织和皮下脂肪组织中,筛选到14824条差异表达长链非编码RNA,其表达表现出较强的组织特异性;通过对差异表达lnc RNA邻近基因的功能富集分析,发现差异表达lnc RNA可能参与调节VAT与SAT不同的蛋白质合成活性;8.在6月龄犊牛和成年牛皮下脂肪组织中,筛选到11467条差异表达的长链非编码RNA,其表达表现出发育阶段特异性;通过对差异表达邻近基因的功能富集分析发现差异表达lnc RNA可能参与脂质合成、信号转导等生物学过程;9.生物信息学分析发现在6月龄犊牛皮下脂肪组织中特异性表达的Lnc625存在bta-mi R-125b识别位点;双荧光素酶报告系统验证实验表明bta-mi R-125b的模拟物不会降低Lnc625突变型重组质粒的荧光活性,但是显著降低Lnc625野生型重组质粒的荧光活性,Lnc625可能为bta-mi R-125b的靶基因;综合以上结果,本研究提供了丰富的秦川牛脂肪组织转录组和长链非编码RNA相关信息,能够为研究肉牛脂肪生成过程提供理论支持。