随着社会经济的快速发展,水资源的不合理利用及其供需矛盾日益突出,水问题成为越来越多国家和地区可持续发展的制约性因素。传统的水资源短缺评价方法主要侧重于水量评价,尚未形成能够同时考虑水量和水质的通用方法。水足迹概念的提出,将人类活动与淡水资源紧密相连,为更加全面的评价水资源短缺提供了新思路。本研究采用水足迹理念,引入水量性缺水指标和水质性缺水指标,构建了一种基于水足迹的综合考虑水量和水质的水资源短缺评价方法,用以评价水资源短缺的类型和程度,并应用在市政、流域和全国尺度的水资源短缺评价中,分析了各区域的水资源特征。研究结果表明：(1)2009年北京市水量性和水质性缺水指标值分别为1.2和2.3,均高于各自的阈值0.4和1.0。因此,北京市是一个同时具有水量性和水质性水资源短缺问题的典型地区。尽管北京的水资源短缺指标一直保持在较高的水平,但指标整体呈现下降趋势,特别是1999-2009年,水量性和水质性缺水指标值分别下降了59%和62%,说明北京在节约用水和污水处理方面取得了很大进步。由于北京市水量性和水质性缺水指标多年保持在高于阈值的水平,因此造成地下水位的持续下降和水体质量的逐年恶化。(2)2004-2006年,黑河流域的水量性和水质性缺水指标值分别为1.3和1.6,水资源短缺形势较为严峻。流域内蓝水足迹为8.11×108m3yr-’,绿水足迹为9.56×108m3yr-1,灰水足迹为42.22×108m3yr-’。其中,农业部门是黑河流域的最大用水部门,同时也是引起水污染最多的部门。黑河流域一年中有8个月的蓝水足迹均远高于蓝水可利用量,自然径流不能同时满足人类和环境的用水需求,导致了用水的不可持续性。(3)2007-2009年,从流域尺度来看,全国10个流域中4个流域同时存在水量性和水质性缺水问题,1个流域仅存在水量性缺水问题,4个流域仅存在水质性缺水问题,只有1个流域暂不存在严重性水资源短缺问题。从省份尺度来看,全国31个省份中14个省份同时存在水量性和水质性缺水问题,10个省份仅存在水质性缺水问题,只有7个省份暂不存在严重性水资源短缺问题。研究表明,水足迹作为一种能够评价水消耗和水污染的工具,能够针对不同尺度的水问题进行定量评价。基于水足迹的水资源短缺评价方法适用于不同尺度的水资源短缺类型和程度分析,能够为各地区水资源综合管理和利用提供理论依据。在制定水资源管理政策时,应当分流域分污染物对不同地区的水资源进行保护和污染防治,采取措施将灰水足迹降低到可利用水资源量以下。