苔藓植物由三个类群组成：苔类、角苔类和藓类。小立碗藓属于藓类中的葫芦藓科,小立碗藓属。 由于小立碗藓(1)具有高的同源重组率；(2)在由藻类向高等植物进化过程中所处的独特位置；以及(3)高度耐盐、耐旱等特性,使得小立碗藓成为重要的模式植物。截止到2007年3月,小立碗藓叶绿体基因组、线粒体基因组、基因组草图均已完成；小立碗藓转录组和蛋白质组数据也在迅速增长,这标志着小立碗藓的研究进入了基因组时代。 microRNA是真核生物中长度约为21～24个核苷酸的非编码小型内源单链RNA,普遍存在于动物、植物中,具有广泛的生物学功能。目前认为,microRNA在高等真核生物体内对基因表达的调控作用可能和转录因子一样重要。研究microRNA功能的一个重要方面就是研究microRNA所调节的靶基因的功能。由于多数microRNA在亲缘关系近的物种中是保守的,并且植物miRNA与靶基因几乎完全互补,因此可以采用生物信息学方法预测植物中miRNA靶结合位点。 本研究利用857条植物miRNA序列对27546条小立碗藓mRNA序列进行搜索,预测出162个植物miRNA家族在小立碗藓中存在结合靶位。miRNA结合靶位数目和miRNA协同作用网络分析结果同时显示,miR482和miR1168在小立碗藓中结合靶位多、协同作用广,提示它们对于小立碗藓可能具有重要生物学功能。小立碗藓中同时存在52个莱茵衣藻特有的miRNA结合靶位和多种开花植物miRNA结合靶位,显示出小立碗藓在从藻类向种子植物进化过程中处在独特演化位置。 下一步我们将在全基因组范围内预测小立碗藓miRNA,并预测它们的靶基因。本研究为深入研究小立碗藓miRNA奠定了基础。