水稻具有多个含有SET结构域的蛋白质(SET domain protein，SDP)，SET结构域的命名来源于3个果蝇基因：SU(VAR)3-9，E(Z)和TRX，而SET结构域是参与表观遗传过程(epigenetic processes)的组蛋白甲基转移酶(histonemethyltransferases)的标志结构。Su(var)3-9家族的SDP专一甲基化组蛋白3第9位赖氨酸(H3K9)，从而导致基因沉默(gene silencing)。我们克隆了3个Su(var)3-9家族的含有SET结构域的基因(SET domain gene，SDG)：OsSET2、OsSE73和OsSET4，并对这三个基因编码的蛋白质的功能进行了深入研究。利用大肠杆菌表达的OsSET2、OsSET3和OsSET4重组蛋白进行的体外活性检测实验证明OsSET3具有组蛋白H3K9的甲基转移酶活性，而OsSET2和OsSET4不具有该活性。利用绿色荧光蛋白作为标记，发现在细胞分裂间期，OsSET2定位于细胞核的核质部分，OsSET3和OsSET4定位于染色质的异染色质区域；在细胞分裂的分裂期，OsSET3和OsSET4可以结合到染色体上，而OsSET2不能与染色体结合。OsSET2、OsSET3和OsSET4在拟南芥植株中的定位与在烟草BY2细胞中的定位一致。过量表达OsSET3会导致拟南芥的生长受到抑制。我们的结果首次发现了水稻SUV3-9H家族具有H3K9甲基转移酶活性的新成员OsSET3，为研究水稻SDP的功能进行了初步探索。