作为理学集大成者的朱熹,在自然科学领域也有自己独到的研究。生产的发展、深刻的社会变革以及宋代中国科学技术的昌明和“格物致知”、“理与气”思想为朱熹自然科学研究提供了经济基础和知识论基础。朱熹利用气化论思想诠释了宇宙的结构和演化、月亮、太阳与光的关系、岁差与历法、气候和气象等现象,并且认为,人的生死是由气的聚散来决定。他还从“天人合一”的角度对人居环境提出了自己的见解。在医学方面,朱熹认为,生病的人固然要服药,但更要注重养生之术。朱熹还对非科学进行了研究,特别是对鬼神、风水、魂魄和卜筮思想进行了较为详细的阐释。此外,朱熹还针对传统农业中存在的问题提出了自己改革创新的观点。朱熹丰富的自然科学知识对他的哲学思想有所促进,但他的客观唯心主义思想体系却制约了他的自然科学知识的前进与发展。朱熹利用自己丰富的自然科学知识,通过实践和分析研究,提出了许多很有价值的科学见解,尽管他是在客观唯心主义的哲学体系下展开的,但我们不能因此而抹杀他的某些自然科学知识的当代价值。