高等学校科研水平的提高不仅能培养高层次人才、改善基础教学水平,也能为社会科技成果的产出做出贡献。近年来,高校科研资金的来源逐渐趋向于多元化,科研收入在高校收入总额中所占的比重大幅度上升,因此研究高校科研资金的使用效率,构建有针对性的科研资金使用效益评价体系,对高校科研工作的发展有极大的推动作用。本文从当前高校科研资金使用现状及使用中存在的问题入手,对高校科研资金使用效益评价体系进行了全面的研究,指出高校科研资金的使用效益应包涵科研、经济和社会三个方面的内容,采用层次分析法确定指标权重,构建自然科学类和人文社科类科研资金使用效益评价体系。其中自然科学类评价体系包含22个主要指标、人文社科类评价体系包含20个主要指标,并选取某高校作为研究对象进行实证研究,通过分析指出该高校科研资金使用中存在的一些问题,并给予客观全面的措施。本文的主要贡献在于将科研资金使用效益分为科研效益、经济效益和社会效益三个方面,同时分别对自然科学类和人文社科类资金构建评价体系,采用不同的指标来衡量,旨在从多方面探讨不同性质科研资金的使用效益,全面探讨当前高校科研资金使用中是否存在效率低下的问题。