低蛋白口粮能够有效缓解蛋白质饲料资源短缺和氮排放污染严重的问题,但对猪肠道环境,尤其是肠道微生态环境的影响还并不明确。本论文主要通过二代测序技术,研究低蛋白日粮对断奶仔猪和育肥猪肠道微生物区系的影响。本试验共分为两个部分：（1）试验规,选用18头体重为9.57±0.61kg的杜×长×大三元杂交仔猪,随机分配到3个处理组,3组日粮的粗蛋白质（Crude protein,CP）水平分别为20%、17%和14%。饲养50 d后屠宰,取回肠和结肠内容物用于微生物测序和微生物代谢产物的检测,取回肠和结肠肠段用于肠道紧密连接蛋白和干细胞标志蛋白表达量的检测。结果表明,低蛋白日粮会导致仔猪生长性能下降（P<0.05）。随日粮CP水平降低,厚壁菌门魏斯氏菌属比例下降,有害菌蓝藻细菌比例上升,回肠紧密连接蛋白Occludin和回肠干细胞标志蛋白Lgr5表达量显著下降（P<0.05）。同时,结肠菌群多样性随日粮CP下降而降低,厚壁菌门比例上升,拟杆菌门比例下降,蛋白降解菌考拉杆菌属比例下降,瘤胃球菌属、普氏菌属和理研菌科等比例也明显下降,而糖解细菌毛螺菌科和乳杆菌属等比例明显上升,但结肠紧密连接蛋白和干细胞标志蛋白的表达量无显著变化（P>0.05）。微生物代谢产物结果表明,随日粮CP水平降低,肠道短链脂肪酸（Short-chain fatty acids,SCFAs）的浓度显著提高（P<0.05）,生物胺的浓度显著下降（P<0.05）。（2）试验二,选用18头体重为62.30±1.00k的杜×长×大三元杂交猪,随机分配到3个处理组,3组日粮的CP水平分别为16%、13%和10%。饲养50 d后屠宰取材,检测方法同试验一。结果表明低蛋白日粮会导致育肥猪生长性能下降（P<0.05）。当日粮CP水平下降至10%,育肥猪回肠和结肠菌群多样性下降,其中回肠梭菌科₁比例明显降低,潜在有害菌肠杆菌科埃希氏志贺氏菌属明显提高,回肠干细胞标志蛋白Lgr5和Bmi 1表达量显著下降（P<0.05）。育肥猪结肠菌群多样性随日粮CP水平降低而下降,厚壁菌门比例上升,拟杆菌门比例下降,糖解细菌毛螺菌科比例提高,蛋白降解菌考拉杆菌属比例下降,瘤胃球菌属、普氏菌属和理研菌科等比例也明显降低,结肠紧密连接蛋白和干细胞标志蛋白表达量则无显著变化（P>0.05）。但当日粮CP水平下降至13%,回肠菌群丰度和多样性提高,有益菌乳杆菌属比例提高,回肠紧密连接蛋白Occludin和Claudin-1的表达量显著提高（P<0.05）,结肠有益菌巨型球菌属比例也明显提高。微生物代谢产物结果表明,肠道SCFAs和生物胺的浓度均随日粮CP水平降低而下降（P<0.05）。本试验结果表明,低蛋白日粮会提高仔猪回肠有害菌蓝藻细菌的比例,并不利于仔猪回肠屏障功能和干细胞增殖。但对育肥猪而言,日粮CP水平在一定范围内下降会提高回肠有益菌乳杆菌属的比例,并提高回肠紧密连接蛋白的表达；同时,低蛋白日粮会提高猪结肠厚壁菌门与拟杆菌门的比值,降低蛋白降解菌考拉杆菌属的比例,而提高糖解细菌毛螺菌科的比例,但对结肠屏障功能和结肠干细胞增殖的影响较小。