随着经济的发展，政府投资的重点转向了公共工程领域，有效地拉动了经济增长，但是政府公共工程投资也暴露出了一些不容忽视的问题，主要是投资绩效不理想，损失浪费严重，低水平重复建设。面对这些情况，审计机关不仅要对项目建设资金使用中的不合法、不合规行为进行审计，而且要对资金使用效率、效果进行审计，也就是对公共工程投资进行绩效审计。论文采用定量与定性相结合的方法，阐述了我国开展公共工程投资项目绩效审计的必要性和可行性，引入外部效应理论和有效供给理论作为理论支持，对公共工程投资项目绩效审计的目标进行了重新定位，提出了公共工程投资项目绩效审计的双层次目标，并以双层次目标为基础，兼顾影响公共工程投资绩效评价的各项因素，借鉴国外绩效评价的成功经验，构建了公共工程投资项目绩效审计的评价指标体系。利用罗芳污水处理厂绩效审计资料进行了实证分析，通过实证分析验证了绩效评价指标体系的适用性。针对我国目前公共工程投资项目绩效审计的现状，分析了应用绩效评价指标体系将面临的问题，并对这些问题的原因进行了深入剖析，提出了公共工程投资项目绩效审计评价指标体系应用的保障措施。公共工程投资项目的绩效审计不同于一般的建设项目经济效益审计，更多的是关注社会效益，对公共工程投资效果的评价应该更加全面，在注重经济效益的前提下，还应该关注社会效益和环境效益。在未来的审计理论研究和审计实践活动中，应将这种新的审计理念和审计方法应用于公共工程投资效果的评价之中。