郭沫若是中国科学院第一任院长，任职时间长达30年之久。研究郭沫若在中国科学院的这段历史，既是有关郭沫若研究的一个不可回避的问题，也是讨论中国科学院前30年历史的一个重要话题。中国科学院建院早期隶属于政务院，受文化教育委员会指导。1954年后，改变了政府部门的性质，转为国家最高科学研究中心。中央希望科学院全面做到理论联系实际，推动全国科学事业的发展，同时做好知识分子的思想改造工作。由郭沫若出任院长是中央内定的计划。　　在科学院的权力体系中，表面为无党派民主人士、实则为中共特别党员的郭沫若有着特殊的地位。科学院成立初期，在学术资历深厚的几位副院长面前，院党组力量相对较弱，郭沫若的决断就显得非常重要。他参与管理许多具体事务，在接收、调整旧的研究机构、创设新的制度、确立和贯彻办院方针等方面都有系统影响。自1952年底开始，中央不断地调配更高级别的党员领导干部来充实科学院党组，党组力量逐步加强并最终掌控全局。与此同时，郭沫若逐渐收缩管理权限，他的事务性工作大量减少，但仍参与一些重大事项如学部的筹建、十二年科学远景规划的制定等，其在科学院的主要角色是配合党组施政。文革爆发后，由于中央的保护，郭沫若未被打倒，他还担任了中科院革委会主任、党的核心领导小组组长，但只是名义上的，科学院的工作他极少参与。1978年他以“科学的春天”演讲辞为自己的院长生涯画上了句号。　　科学院是知识分子的集中地，也是政治运动的中心地带。中国科学院的政治运动主要由党组领导，郭沫若在其中起配合作用。在科学院早期的政治运动中，郭沫若虽积极为政治运动作动员报告，但此时政治的敏感度还不够高，这一时期，科学院被中宣部两次公开批评犯了“政治错误”，他和中科院被迫检讨。在批判资产阶级唯心思想运动中，他是胡适思想批判讨论会工作委员会主任，按照中央的部署主持过多次批判胡适思想的学术讨论会，但在批判胡风的运动中没有过多参与。在反右运动中，他以一篇由中宣部科学处代为起草的《驳斥一个反社会主义的科学纲领》引人瞩目，俨然正确路线的代表，但其在政治运动中的“配合者”角色愈加明显。1958年后，郭沫若更加深入地卷进了政治运动，在大跃进、社会主义教育运动中除了继续充当运动的宣传使者之外，还进行了自我检讨，并发表大量的歌颂当下运动的表态性的诗歌。文革中，郭沫若不时感受到了政治运动的威胁，其跟风、表态的行为愈加明显。　　对于“院长”这一角色来说，郭沫若最大的价值应该是推动科学外交。他通过世界和平运动平台初步亮相，在与不同国家的交往中，扮演了“和平鸽”的角色。具体来说，对社会主义国家而言，是在政治外交的大框架落实科学外交;对资本主义国家而言，是以科学外交支撑民间外交，进而推动政治外交。　　身为文学家、历史学家、古文字学家，郭沫若对哲学社会科学的发展有自己的看法。在严守政治正确的年代，郭沫若对科学院发展哲学社会科学持谨慎的态度。哲学社会科学学部成立前，他配合中央定下了哲学社会科学缓慢发展的基调，并在细微处把握哲学社会科学发展的节奏。哲学社会科学学部成立后，他虽是学部主任，但并无实权。反右运动爆发后，他积极支持将哲学社会科学部交由中宣部直接领导。不过，对自己爱好的历史学和考古学，郭沫若还参与了诸多具体事务，发挥着重要影响。　　任用郭沫若担任中国科学院院长，是中共的战略布局。从后续的实践来看，郭沫若较好地扮演了自己的院长角色。他在中国科学院严格落实党的方针政策。在党组力量较弱小时，为中国科学院的建基立业作出了系统贡献。在党组力量加强后，又积极配合党组施政，为推动科学工作走向计划轨道、完善国家科学领导体制、培养和激励科学人才方面做出了努力。在科学院的政治运动中，他配合党组作动员报告，宣传政治运动的合理性，积极推动知识分子的思想改造。在科学外交工作中，他严格地在政治外交的框架下开展科学外交，并利用科学外交为政治外交服务。在把控哲学社会科学发展的节奏时，他也是配合中央的旨意在执行。通过考察建国后郭沫若与中国科学院的关系，可以发现，郭沫若不是一个“个体”的郭沫若，而是一个紧紧跟随共产党的“组织中的人”。与其说他是“学者中的政治家”，不如说是“政治家中的学者”。因此，简单地以知识分子的标准来对其进行臧否，是片面的。