HIV-1蛋白酶抑制剂(HIV-1 PIs)的研发及其在高效抗逆转录病毒治疗(HAART)中的应用显著降低了获得性免疫缺陷综合征(AIDS)的死亡率。在本论文中,运用多种光谱法、粘度法和分子模拟法探讨了在模拟生理条件下(pH 7.4)三种HIV-1 PIs,地瑞那韦(DRV)、利托那韦(RTV)和洛匹那韦(LPV)与小牛胸腺DNA(ct-DNA)的相互作用。结果表明HIV-1 PIs与ct-DNA的结合常数(K_b)在10~3数量级,两者的结合主要通过范德华力和氢键维持稳定。粘度实验、荧光竞争实验以及圆二色光谱实验的结果揭示了HIV-1 PIs以沟区结合的方式与ct-DNA作用。此外,分子模拟研究显示HIV-1 PIs易于在DNA片段富含A-T的区域中结合。基于多种光谱法和分子模拟技术研究了三种HIV-1 PIs(DRV,RTV和LPV)与牛血清白蛋白(BSA)的结合特性。荧光相关数据分析表明HIV-1 PIs以静态(DRV和RTV)或动静结合(LPV)机制猝灭BSA的内源荧光。紫外光谱结果显示HIV-1 PIs与BSA的结合能力较弱(K_b在10~3-10~4数量级),且只存在一个结合位点。通过热力学参数分析可知范德华力和氢键是两者结合过程中的主要驱动力,此外体系中还存在弱疏水作用力。分子模拟的结果表明DRV结合在BSA的IIA和IIB亚域界面处(site II’位),RTV和LPV则在IIIA亚域的疏水腔中(site II位)。从同步荧光和三维荧光的研究结果可知,与HIV-1 PIs结合后对BSA分子中荧光团周围的极性基本没有影响,而从红外光谱(FT-IR)分析得知BSA的二级结构发生了变化。