我国正处于政治经济体制转型的关键时期，更多的社会力量参与到社会公共事业中来已是时代发展的必然。政经转型期存在着相对更多的不稳定因素，稍有不慎都可能成为公共危机事件的诱因。汶川地震以来，非政府组织已日益成为我国公共危机治理过程中的重要力量，其非营利性和公益性的特征，使它能够在危机治理中具有自由灵活，联系广泛等优势，能够深入公共危机现场获得第一手有关资料，并有针对地根据现实需求结合自身的组织特点提供援助，对于在援助过程中协助政府稳定舆情，提高危机治理效率有着重要作用。可以说，伴随着社会的发展和我国政府职能的转变，探索公共危机治理中非政府组织与政府的合作机制对于实现我国公共危机的有效治理有着重要意义。　　基于这样的前提，本文将研究重点放在非政府组织与政府公共危机治理中的合作关系上，通过对现有理论文献的梳理及对两者合作现状与特征的分析，试图找出他们之间的合作方式现状，存在的问题以及可能的对策。本文认为我国的非政府组织不论在组织形成还是具体内涵上，都有其在特殊体制、制度背景下所形成的特点，并在当前政经转型期参与公共危机治理的过程中表现出了高度社会关注，更多政策支持，公益模式网络化，以及服务供给模式多中心化等特征。然而，不可否认的是，我国非政府组织与政府的合作仍然受一些内部和外部，制度性和历史性因素的影响，比如:双重管理体制，治理效率低下;政府大包大揽，非政府组织危机治理能力不强;缺少全程监管，腐败导致公信羸弱;资源流失严重，非政府组织自身发展能力不足等。论文以为要实现公共危机的有效治理，需结合我国具体情况，有针对地探索非政府组织与政府间良性合作机制的实现方法，并提出了规范非政府组织管理方法，创新公共服务供给方式，明确职能分工，推进政务公开等对策性建议。