全要素生产率是指总产出与综合要素投入之比率，其增长体现的是要素投入的增长所不能解释的那部分产出的增长。而绿色全要素生产率是将能源消耗和环境污染纳入全要素生产率核算体系框架，使生产率估算结果更加符合经济现实。研究开发（Research and Development，R&D）是现代经济增长最主要的推动力，R&D经费支出作为一种投入，是企业、产业乃至国家竞争战略的一个重要组成部分，直接影响到我国经济长期、稳定增长。本文将中国工业R&D投入分为国外技术引进、国内技术转移和企业自主研发三种方式，根据1999-2011年工业行业层面的经验数据，采用基于SBM方向性距离函数的Luenberger生产率指数对中国工业行业的绿色全要素生产率进行估算，并实证检验三种方式研发投入对工业绿色全要素生产率的影响。本文研究发现：（1）考虑能源投入和废水、二氧化硫、固体废物排放三种非期望产出的中国工业绿色全要素生产率平均每年增长6.51%，要低于不考虑能源环境的传统全要素生产率增长率，这说明中国工业经济增长实现绿色转型还有较大空间；（2）企业自主研发通过显著提升企业绿色技术效率，推动绿色全要素生产率增长，但却对绿色技术进步产生一定抑制作用，尤其表现在低R&D投入行业，因此在加大企业自主研发投入力度的同时，要注重提升企业绿色环保技术的创新能力；（3）国外技术引进显著地提高了绿色全要素生产率和促进绿色技术进步，但却阻碍了企业绿色技术效率的改善，尤其是在高R&D投入行业，因此大中型高科技企业在引进国外先进技术时更要注重学习吸收国外企业绿色产出绩效的管理和生产经验；（4）国内技术转移对中国工业绿色全要素生产率的促进作用相对较弱，尤其对于高R&D投入行业必须防范重复低水平转移国内技术和设备。（5）加强环境治理强度和提高行业资本密集度均有利于提高工业行业总体的绿色全要素生产率水平和绿色技术效率，尤其对于高R&D投入行业。