现代质谱技术以其分析快速、灵敏度高、样品用量小等特点，在食品、药物等的成分分析方面应用广泛。天然产物具有种类繁多、结构复杂，以及难以分离纯化等诸多特点，应用质谱技术对其结构特征进行分析、总结，进而达到初步识别与鉴定，会大大提高天然产物的研究效率。电喷雾电离是一种重要的软电离质谱离子化技术，特别适用于对天然产物的提取、分离过程中所获得的各个组分进行快速扫描、跟踪检测与初步结构鉴定。与其他技术相比较，电喷雾电离质谱技术表现出了明显的优势和不可替代性。　　本文采用电喷雾离子阱质谱技术，首先对来源于植物内生真菌Pestalotiopsis fici的色酮类活性次级代谢产物进行了结构特征的分析研究。通过对碎片离子的解析，总结了其裂解规律，推测了其可能的裂解途径，为同类化合物的结构鉴定提供了理论基础，为真菌来源活性次级代谢产物的快速分析与识别，以及初步的结构鉴定提供了高效的技术手段。利用该技术对人参皂苷的生物转化产物进行了结构分析研究。通过分析其质谱碎裂规律，推测了可能的裂解途径，建立了人参皂苷快速结构鉴定的质谱分析方法，并应用此方法对人参皂苷生物转化产物Compound O和CompoundMc1进行了结构鉴定。此外，利用建立的质谱分析方法对粗酶法制备得到的稀有人参皂苷F2和Compound K进行了检测及结构分析。以上研究结果表明，利用电喷雾质谱技术可以对天然产物活性成分进行快速准确的分析，为复杂体系中多种成分的快速分析提供了有效手段。电喷雾多级串联质谱应用于天然产物的生物转化产物的结构鉴定，使生物转化产物的结构分析变得简捷、高效，大大提高了研究效率。