改革开放40年来,我国不断融入全球化进程,在美国逆全球化背景下,我国推动实施“一带一路”战略,坚持对外开放,扩大开放程度,与国际社会、组织深化交流合作,成为全球化推动新引擎。在此进程中,境外非政府组织越来越多地进入我国西南边疆地区开展扶贫开发、环境保护、慈善救助等领域的活动,在为当地带来先进的理念、经验和技术的同时,部分境外非政府组织在当地非法开展政治渗透、宗教传播、情报搜集等危害我国国家安全的行为。特别是我国西南边疆地区经济发展相对滞后、民族宗教因素复杂、政府管理能力薄弱,是境外非政府组织活动最频繁、监管难度最大的区域。境外非政府组织在我国西南边疆地区开展非法活动,对我国的国家安全带来了负面影响。本文先是梳理了境外非政府组织在我国西南边疆地区的发展历程、活动现状、然后从实际案例出发,分析境外非政府组织通过提供资金、学术交流等隐蔽方式开展非法活动,对我国国家安全造成不利影响。针对我国西南边疆地区政府对境外非政府组织的现行管理制度,分析在法律规范、登记备案、准入领域、具体政策落实等方面需要完善的地方,从西南边疆地区特点、以及相关主体安全防范意识淡薄等方面分析当地政府对境外非政府组织监管难度较大的原因。最后通过分析借鉴相关国家对境外非政府组织的管理措施与经验,立足我国西南边疆地区特点,运用政府监管、边疆治理等理论,从明确管理原则、完善法律制度、注重安全防范、多主体协同合作等四个方面提出对策建议。