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棉花是世界上重要的经济作物之一，提供人类多数纤维与部分油料来源。棉花杂种优势十分明显，可有效提高产量、纤维品质与抗病、抗逆性。细胞质雄性不育在作物杂种优势利用、研究质核互作等方面有着重要的意义。 目前，利用棉花CMS的三系配套培育出了一些杂交种应用于生产，但总体来说，由于恢复系本身产量水平低以及不育系外来细胞质的有害性等原因使得棉花CMS的应用受到极大的限制。随着分子遗传学和现代生物技术的迅速发展，在主要作物中，胞质不育系的研究已从生理生化的全面探讨深入到分子水平。 本文选用2532对SSR引物，利用含有447个单株的3个BC1群体[湘-A×（湘-A×0-613-2R）、ZMS12A-3×（ZMS12A-3×0-613-2R）、太121A-2×（太121A-2×0-613-2R）]对恢复基因进行分子标记筛选。共筛选到5个SSR标记与Rf1紧密连锁。再整合别人已筛选到的Rf1紧密连锁分子标记（3个SSR，2个RAPD和3个STS标记），利用Mapmaker软件对恢复基因进行精细作图。图谱共含8个SSR标记，2个RAPD标记和3个STS标记，连锁图总的遗传距离小于1.0cM。其中，2个RAPD引物（NAU／RAPD／Rf13和NAU／RAPD／Rf15）和4个SSR引物（NAU／SSR/1824、NAU／SSR／1034、NAU／SSR／441和NAU／SSR/211-215）表现为共分离，另外3个SSR引物（NAU／SSR/790、NAU／SSR/1782和NAU／SSR/167）与3个STS引物（STS/UBC147、STS／UBC679和STS／UBC659）的遗传距离也为0cM，而它们之间的遗传距离为0.2cM。 细菌人工染色体（BAC）文库是基因组物理图谱、图位克隆和基因组测序的重要工具。为了构建棉花基因组物理图谱并图位克隆棉花基因，高质量的大片段插入文库是必要的。本研究选用了一个遗传稳定的棉花哈克尼西棉胞质雄性不育的恢复系，0-613-2R，通过低熔点琼脂糖包埋法提取了棉花的基因组DNA，分子量约在1Mb左右，碎片较少，基本上无蛋白质和细胞器DNA等污染。所构建的棉花恢复系BAC文库，共包括97，825个单克隆，保存于255块384孔培养板中。随机挑取单克隆检测