新的历史时期对完善高等院校党委领导下的校长负责制提出了新的要求,论文分析高等院校党委领导下的校长负责制存在的问题,提出完善高等院校党委领导下的校长负责制的对策。现代大学制度理论、新制度经济学理论和治理理论,为从理论高度研究高等院校党委领导下的校长负责制的历史变迁、取得的成就,分析存在的问题并提出完善对策奠定了理论基础。研究表明:党委领导下的校长负责制是中国特色社会主义的必然要求,是国际形势和国内形势和高等院校的根本任务所决定的;其成功经验表现为:保持了高校稳定,为科学决策提供了制度保障,促进了高校的发展,使党的自身建设不断加强。存在的主要问题表现为:政治权力和行政权力失衡;权力、责任界定不清;党政不协调、配合不一致。坚持和完善党委领导下的校长负责制的对策有:应该提高认识,深刻理解坚持党委领导下的校长负责制的必要性;应该把握全局,构建科学高效的现代大学领导组织结构;应该完善制度设计,实现党委政治权力和校长权力的均衡;应该坚持改革创新,不断加强和改善党对高校的领导;应该坚持依法治校,切实保障党委领导下的校长负责制正确实施;应该坚持加强领导班子的思想政治建设,不断推进高校科学发展。