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用RT-PCR法分别扩增了IBV肾型毒株JS/95/03和呼吸型毒株SD/97/01的S1全基因，并克隆到pMD18-T克隆载体中。通过酶切鉴定基因的插入和连接方向，构建了分别含JS/95/03和SD/97/01的S1基因的重组质粒pMDJS95032S1和pMD9701S1。对两个毒株的S1基因测序后与10个参考毒株进行了比较和分析。结果表明，JS/95/03和SD/97/01分别与M41和H120株亲缘关系最近，它们可能是疫苗毒株的变异株；JS/95/03和SD/97/O1的亲缘也较近，两者S1蛋白间仅有23个氨基酸的差异，其中有15个位于前130个氨基酸中。在126位氨基酸附近存在着6个氨基酸的差异（116、117、118、128、129、130位），该区域可能与两毒株的致病性差异有关。根据氨基酸序列对两毒株S1蛋白的二级结构进行了预测，比较后发现一个或极少数氨基酸的差异即可导致S1蛋白二级结构和抗原性的改变。 为了构建表达IBV S1蛋白的重组杆状病毒，用BamH I和Sal I对重组克隆载体和杆状病毒转座载体pFASTBACTHa进行双酶切，回收目的DNA片段并连接后，转化大肠杆菌DH5α，获得了重组转座载体pFASTJS9503S1和pFASTSD9701S1，然后分别转化含有杆状病毒穿梭质粒的大肠杆菌DH10BAC感受态细胞，获得分别含两个IBV毒株的S1基因的重组穿梭质粒rBacmidJS9503S1和rBacmidSD9701S1。采用CellFECTIN将重组穿梭质粒DNA转染昆虫Sf9细胞后，获得含S1基因的重组杆状病毒rAcJS9503S1和rAcSD9701S1。重组杆状病毒感染Sf9细胞后，用SDS-PAGE、Western blot和IFA对细胞表达产物进行检测。结果显示：IBV JS/95/03和SD/97/01株的S1基因在昆虫细胞中得到了正确表达。虽然它们糖基化不完全，但仍具有天然蛋白的抗原性。 用感染重组病毒rAcJS9503S1或rAcSD9701S1的细胞裂解液对2周龄的伊沙公雏进行了免疫保护试验，根据免疫鸡抗体动态变化和攻毒后鸡肾脏和气管保护力对细胞表达的S1蛋白免疫原性进行了评价。试验结果表明，本研究构建的重组杆状病毒表达的S1蛋白可以诱导抗体产生和免疫保护反应，两个毒株间也有一定程度的交叉免疫保护存在。